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HAL : Dernières publications

  • [hal-01602293] Taxonomy and genomics of Kazachstania yeasts from sourdough

    Introduction: Yeast diversity has now been well investigated in natural sourdoughs isolated from Asian and European countries. However, the yeast diversity of natural sourdoughs made of organic wheat has never been studied. Microbial and molecular approaches to study this type of sourdoughs from France revealed that Saccharomyces cerevisiae was not the dominant species, questioning its implication as natural baker yeast and most dominant yeast species belong to the Kazachstania clade (Lhomme et al, 2016). Results and Discussion: Using ribosomal RNA gene and protein coding gene sequences, a thorough taxonomic analysis of sourdough strains isolated from France, identified two novel species in a subclade of the Kazachstania clade known to harbor a number of baker’s yeasts, such as Candida humilis and Candida milleri. In addition, two other novel species were identified in this subclade, one from rotting wood in Brazil and one from soil in South Africa, the latter consisting of a strain previously wrongly assigned to the Kazachstania exigua species. Further analysis revealed that the K. exigua species was very heterogeneous and made of haploid, alloploid and hybrid isolates, as suggested by Bon et al. (2000). Comparison of the genome of strains from sourdough and their corresponding type strains identified a number of specific genes, but did not show extensive differences at the genomic level, suggesting that strains isolated from sourdough differ mainly from non-sourdough strains at the transcriptional level. Finally, sequence analysis of major baker’s yeasts revealed several features, such as rearrangements at the mating type loci, distribution of Whole Genome Distribution gene blocks and distribution of transposons. These will be discussed.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Delphine Sicard) 02 Oct 2017

    https://hal.science/hal-01602293v1
  • [hal-01988644] HACCP en pratique : aspects managériaux et études de cas

    HACCP en pratique : aspects managériaux et études de cas

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Maryvonne Lassalle de Salins) 21 Jan 2019

    https://hal.science/hal-01988644v1
  • [hal-01988639] Evolution des risques microbiologiques

    Evolution des risques microbiologiques

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Florence Dubois-Brissonnet) 21 Jan 2019

    https://hal.science/hal-01988639v1
  • [hal-01988649] Risques microbiologiques alimentaires

    Pour garantir et maîtriser la sécurité microbiologique des aliments et prévenir les crises sanitaires alimentaires, la connaissance et la surveillance des microorganismes pathogènes depuis la production primaire jusqu’à la distribution des denrées alimentaires en passant par la transformation, sont indispensables. Cet ouvrage de référence traite des dangers microbiologiques alimentaires majeurs (microorganismes infectieux ou toxines d’origine microbienne) et des risques associés pour l’Homme. Illustré de nombreux schémas et tableaux de synthèse, ce livre fait un point complet sur les notions fondamentales de microbiologie générale, de physiologie microbienne et de modélisation, en les appliquant aux microorganismes pathogènes des aliments et en y intégrant les dernières avancées. Il présente ensuite les outils de gestion du risque microbiologique mis en place au niveau européen et français. Enfin, les microorganismes avérés ou émergents d’intérêt font l’objet de monographies claires et détaillées permettant de bien les connaître pour mieux les maîtriser. Cet ouvrage s’adresse aux managers, ingénieurs et techniciens des industries agroalimentaires (des secteurs qualité-hygiène, production, achats, recherche et développement...), aux professionnels du contrôle sanitaire et de la gestion du risque (laboratoires d’analyses et instances officielles) ainsi qu’aux enseignants-chercheurs et aux étudiants dans le domaine de la microbiologie appliquée à l’agroalimentaire et des risques sanitaires.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Murielle Naïtali) 21 Jan 2019

    https://hal.science/hal-01988649v1
  • [hal-01988647] Dangers microbiologiques alimentaires : habitats, modes de transmission à l'Homme et expression du pouvoir pathogène

    Dangers microbiologiques alimentaires : habitats, modes de transmission à l'Homme et expression du pouvoir pathogène

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Florence Dubois-Brissonnet) 21 Jan 2019

    https://hal.science/hal-01988647v1
  • [hal-01988645] Inactivation des microorganismes pathogènes dans les aliments et les environnements industriels agro-alimentaires

    Inactivation des microorganismes pathogènes dans les aliments et les environnements industriels agro-alimentaires

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Murielle Naïtali) 21 Jan 2019

    https://hal.science/hal-01988645v1
  • [hal-01692270] Quel type de corrosion l’industrie agroalimentaire génère-t-elle ?

    Quel type de corrosion l’industrie agroalimentaire génère-t-elle ?

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jean-Marie Herry) 24 Jan 2018

    https://hal.science/hal-01692270v1
  • [hal-04189760] Bacillus subtilis NDmed, a model strain for biofilm genetic studies

    The Bacillus subtilis strain NDmed was isolated from an endoscope washer-disinfector in a medical environment. NDmed can form complex macrocolonies with highly wrinkled architectural structures on solid medium. In static liquid culture, it produces thick pellicles at the interface with air as well as remarkable highly protruding ‘‘beanstalk-like’’ submerged biofilm structures at the solid surface. Since these mucoid submerged structures are hyper-resistant to biocides, NDmed has the ability to protect pathogens embedded in mixed-species biofilms by sheltering them from the action of these agents. Additionally, this non-domesticated and highly biofilm forming strain has the propensity of being genetically manipulated. Due to all these properties, the NDmed strain becomes a valuable model for the study of B. subtilis biofilms. This review focuses on several studies performed with NDmed that have highlighted the sophisticated genetic dynamics at play during B. subtilis biofilm formation. Further studies in project using modern molecular tools of advanced technologies with this strain, will allow to deepen our knowledge on the emerging properties of multicellular bacterial life.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Yasmine Dergham) 29 Aug 2023

    https://hal.inrae.fr/hal-04189760v1
  • [hal-04004802] Migration of surface-associated microbial communities in spaceflight habitats

    Astronauts are spending longer periods locked up in ships or stations for scientific and exploration spatial missions. The International Space Station (ISS) has been inhabited continuously for more than 20 years and the duration of space stays by crews could lengthen with the objectives of human presence on the moon and Mars. If the environment of these space habitats is designed for the comfort of astronauts, it is also conducive to other forms of life such as embarked microorganisms. The latter, most often associated with surfaces in the form of biofilm, have been implicated in significant degradation of the functionality of pieces of equipment in space habitats. The most recent research suggests that microgravity could increase the persistence, resistance and virulence of pathogenic microorganisms detected in these communities, endangering the health of astronauts and potentially jeopardizing long-duration manned missions. In this review, we describe the mechanisms and dynamics of installation and propagation of these microbial communities associated with surfaces (spatial migration), as well as long-term processes of adaptation and evolution in these extreme environments (phenotypic and genetic migration), with special reference to human health. We also discuss the means of control envisaged to allow a lasting cohabitation between these vibrant microscopic passengers and the astronauts.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Daniele Marra) 25 Feb 2023

    https://hal.inrae.fr/hal-04004802v1
  • [anses-04615979] Avis de l’Anses relatif à l’évaluation des substances inscrites au programme de travail 2023-2024 de l’Agence dans le cadre de l’évaluation des substances sous REACH : Mélange de sels de sodium et de triéthanolamine de l’acide 4-amino-4-oxosulfo-, N-coco alkyl butanoïque (n° CE 308-662-5 ; n° CAS 98171-53-0) et Masse de réaction du p-t-butylphényldiphényl phosphate et du bis(pbutylphényl) phényl phosphate (n° CE 939-505-4)

    Dans le cadre de la procédure d’évaluation des substances prévue par le Règlement REACH n°1907/2006 (articles 44 à 48), les Etats Membres de l’Union Européenne et des pays de l’Espace économique européen (à savoir la Norvège, l’Islande et le Liechtenstein) évaluent chaque année des substances jugées prioritaires, dans le but de clarifier une (des) préoccupation(s) émanant de la fabrication et/ou de l’utilisation de ces substances et qui pourrai(en)t entraîner un risque pour la santé humaine et/ou pour l’environnement. Ces substances sont inscrites sur le plan d’action continu communautaire (CoRAP ), publié sur le site internet de l’Agence européenne des produits chimiques (ECHA) avec une courte description des préoccupations initialement identifiées pour chacune des substances qui va être évaluée. Dans la majorité des cas, ces préoccupations initiales émanent de données démontrant une toxicité de la substance, associées ou renforcées par des caractéristiques d’exposition telles que : usages générant une dispersion des substances ou usages par des travailleurs et/ou les consommateurs.Les États Membres peuvent cibler leur évaluation sur la préoccupation initiale, mais peuvent aussi l’élargir à tout ou partie des autres propriétés de la substance. A l’issue des 12 mois d'évaluation par l’Etat Membre évaluateur deux situations peuvent se présenter : a) des informations supplémentaires peuvent être demandées aux déclarants des substances, si ces données additionnelles sont jugées nécessaires pour lever un doute sur un danger suspecté. Dans ce cas, un projet de décision est discuté au sein du Comité des Etats Membres (CEM) de l’Agence européenne des produits chimiques (ECHA) ;b) il peut être conclu qu'aucune donnée supplémentaire n'est nécessaire. Dans ce cas, un document de conclusion est rédigé. Il peut alors être accompagné ou suivi d’une analyse des options de gestion réglementaires à mettre en œuvre si des dangers ou des risques ont été identifiés lors de l’évaluation ou si une préoccupation particulière est confirmée.Le CoRAP incluait en 2023 deux substances dont l’évaluation a été confiée à l’Anses.(extrait)

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Minier Christophe) 18 Jun 2024

    https://anses.hal.science/anses-04615979v1
  • [hal-02918505] Dynamic Membrane Localization of RNase Y in Bacillus subtilis

    Metabolic turnover of mRNA is fundamental to the control of gene expression in all organisms, notably in fast-adapting prokaryotes. In many bacteria, RNase Y initiates global mRNA decay via an endonucleolytic cleavage, as shown in the Gram-positive model organism Bacillus subtilis. This enzyme is tethered to the inner cell membrane, a pseudocompartmentalization coherent with its task of initiating mRNA cleavage/maturation of mRNAs that are translated at the cell periphery. Here, we used total internal reflection fluorescence microscopy (TIRFm) and single-particle tracking (SPT) to visualize RNase Y and analyze its distribution and dynamics in living cells. We find that RNase Y diffuses rapidly at the membrane in the form of dynamic short-lived foci. Unlike RNase E, the major decay-initiating RNase in Esche-richia coli, the formation of foci is not dependent on the presence of RNA substrates. On the contrary, RNase Y foci become more abundant and increase in size following transcription arrest, suggesting that they do not constitute the most active form of the nuclease. The Y-complex of three proteins (YaaT, YlbF, and YmcA) has previously been shown to play an important role for RNase Y activity in vivo. We demonstrate that Y-complex mutations have an effect similar to but much stronger than that of depletion of RNA in increasing the number and size of RNase Y foci at the membrane. Our data suggest that the Y-complex shifts the assembly status of RNase Y toward fewer and smaller complexes, thereby increasing cleavage efficiency of complex substrates like polycistronic mRNAs. IMPORTANCE All living organisms must degrade mRNA to adapt gene expression to changing environments. In bacteria, initiation of mRNA decay generally occurs through an endonucleolytic cleavage. In the Gram-positive model organism Bacillus subtilis and probably many other bacteria, the key enzyme for this task is RNase Y, which is anchored at the inner cell membrane. While this pseudocompartmentaliza-tion appears coherent with translation occurring primarily at the cell periphery, our knowledge on the distribution and dynamics of RNase Y in living cells is very scarce. Here, we show that RNase Y moves rapidly along the membrane in the form of dynamic short-lived foci. These foci become more abundant and increase in size following transcription arrest, suggesting that they do not constitute the most active form of the nuclease. This contrasts with RNase E, the major decay-initiating RNase in E. coli, where it was shown that formation of foci is dependent on the presence of RNA substrates. We also show that a protein complex (Y-complex) known to influence the specificity of RNase Y activity in vivo is capable of shifting the assembly status of RNase Y toward fewer and smaller complexes. This highlights fundamental differences between RNase E-and RNase Y-based degradation machineries.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Lina Hamouche) 20 Aug 2020

    https://hal.inrae.fr/hal-02918505v1
  • [anses-04453263] Avis de l'Anses relatif à l’évaluation des substances inscrites au programme de travail 2021 de l’Agence dans le cadre de la deuxième stratégie nationale sur les perturbateurs endocriniens (SNPE2) : Mélamine (n°CAS : 108-78-1)

    La deuxième Stratégie nationale sur les perturbateurs endocriniens (SNPE2) répond à la nécessité d’agir face aux questions que soulèvent les perturbateurs endocriniens. Lancée en 2019, elle avait pour principal objectif de réduire l’exposition des populations et de l’environnement à ces substances et comporte notamment un volet dédie à l’évaluation du caractère perturbateur endocrinien des substances chimiques.Le 8 octobre 2019, l’Agence nationale de sécurité sanitaire (Anses) a été saisie par les Ministères de la Transition écologique et des Solidarités et de la Santé pour la mise en œuvre des actions de la SNPE2 relatives à:1) L’expertise des substances chimiques en vue de proposer la reconnaissance des dangers de perturbateurs endocriniens au titre des règlements européens ;2) La coordination des travaux de l’ANSM et de l’Anses sur les perturbateurs endocriniens afin de renforcer l’évaluation des dangers et des risques des substances pour leur potentiel caractère de perturbateurs endocriniens dans les cosmétiques et les produits de santé ;3) La publication d’une liste priorisée de substances à évaluer pour leur potentiel caractère de perturbateurs endocriniens et d’une liste de substances catégorisées (perturbateurs endocriniens avérés, présumés, suspectés).Dans le cadre de l’action n°3 de cette stratégie, l’Anses a publié le 13 avril 2021 une liste desubstances d’intérêt pour leur potentiel caractère de perturbateurs endocriniens (PE) ainsi qu’une méthodologie visant à prioriser l’évaluation de ces substances afin de confirmer ou d’infirmer leur caractère de perturbateurs endocriniens. A l’issue de ce travail de priorisation, l’Anses a établi une liste de 16 substances pour lesquelles les travaux d’évaluation méritaient d’être complétés ou accélérés. Cette liste de 16 substances jugées prioritaires a été présentée à une réunion commune des comités d’orientation thématique (COT) de l’Anses. Ces instances consultatives constituent des espaces de dialogue et d’échanges avec les parties prenantes de l’Agence incluant les différents collèges représentés au conseil d’administration et des membres d’organisations de la société civile impliquées sur les champs de compétence de l’Anses. Ils ont vocation à épauler le conseil d’administration dans l’expression des besoins en termes d’évaluation des risques et de recherche et la définition des orientations stratégiques de l’Agence, en lui faisant remonter les préoccupations dominantes de la société civile dans le domaine de compétence de l’Anses. Le 15 avril 2021, les membres du comité d’orientation thématique sur les perturbateurs endocriniens (InterCOT PE) ont été invités à nommer jusqu’à 3 substances leur apparaissant comme prioritaires à évaluer pour leur potentiel caractère PE.Les résultats de cette consultation ont permis la hiérarchisation de ces 16 substances tenant compte de leurs dangers, des expositions et du niveau de préoccupation sociétale qu’elles suscitent. Suite à cette hiérarchisation la mélamine a été classée comme une substance à évaluer de manière prioritaire.L’agence a souhaité rendre compte de son évaluation et de ses conclusions à travers la rédaction d’une « analyse des options de gestion des risques règlementaires » (Regulatory management option analysis ou RMOA), utilisé dans le cadre de REACH. Ce format permet, simultanément, d’apporter une aide à la décision aux ministères français sur la /les mesure(s) de gestion des risques la/les plus appropriée(s) à adopter et de partager au niveau européen les résultats des travaux de l’agence menés dans le cadre de la SNPE2.Les RMOA sont réalisés selon un format standard européen et comportent les informationssuivantes :- les éléments de contexte relatifs aux informations disponibles et à l’encadrement règlementaire existant des substances ;- les informations disponibles sur les dangers et les usages des substances, les tonnages, les risques pour la santé humaine ou l’environnement, les cas d’usages susceptibles d’entraîner des effets néfastes sur la santé et/ou l’environnement, etc…, en fonction des problématiques couvertes dans le RMOA ;- une justification de la nécessité de la mise en œuvre de mesures de gestion du risque au niveau européen ; l’identification des différentes options de gestion du risque disponibles dans le cadre du règlement REACH, du règlement CLP, ou s’appuyant sur d’autres outils législatifs et réglementations sectorielles existants en fonction des usages identifiés de ces substances.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Sakina Mhaouty-Kodja) 12 Feb 2024

    https://anses.hal.science/anses-04453263v1
  • [hal-01651302] Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest

    Food fermentation and biopreservation processes involve the use of various species and strains of bacteria and yeast. These strains are responsible for the targeted qualities of the food products that are sanitary, organoleptic (aroma and texture) and healthy qualities. The Florilege database project aims at (i) gathering bacterial and yeast phenotypes of food product of interest that are automatically extracted from PubMed-referenced full-text litterature by using a text mining approach (ii) managing the information in a relational database (iii) enabling multi-criteria requests via a Web user-friendly interface. To date 368 phenotypes, 260 synthetised or degraded molecules, 1076 medium or food products, 1181 bacterial taxons have been acquired by a combinaison of automatic and manual annotations of text, used for training the text-mining method. Food products are automatically categorized in Florilege according to the OntoBiotope ontology that we have extended with dairy and bakery products definitions. Taxa are categorized by the NCBI taxonomy. An ontology of microbial characteristics has been specifically enriched by the Florilege project. This ontology defines microbial phenotypes (Ontobiotope-Phenotype), including intracellular characteristics of cells (such as shape, antibiotic resistance...) and microbial uses (Ontobiotope-Use) that express the microbial alteration of the external environment, food or matrix, such as aroma, vitamin or other molecule production, degradation or food coloring. A preliminary Web interface is available for querying taxa, culture medium and food products at http://genome.jouy.inra.fr/Florilege/. The public availability of Florilege database is planned for the end of 2017 with a user-friendly interface for multi-criteria requests and access to various phenotypes. Florilege will be a highly valuable tool to (i) assess phenotypic biodiversity of food microbes (ii) assign biochemical functions to each strain/species from fermented or biopreserved food products (iii) help into the development of innovative food products in particular those that involve fermentation or biopreservation processes.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Hélène Falentin) 28 Nov 2017

    https://hal.science/hal-01651302v1
  • [hal-01988643] Développement des microorganismes pathogènes dans les aliments

    Développement des microorganismes pathogènes dans les aliments

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Murielle Naïtali) 21 Jan 2019

    https://hal.science/hal-01988643v1
  • [hal-04281299] Analysis of French Isolates of Enterococcus cecorum: antimicrobial resistance and potential of pathogenicity

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jeanne Laurentie) 12 Nov 2023

    https://hal.science/hal-04281299v1
  • [hal-04004063] Comparative Genome Analysis of Enterococcus cecorum Reveals Intercontinental Spread of a Lineage of Clinical Poultry Isolates

    Enterococcus cecorum is an emerging pathogen responsible for osteomyelitis, spondylitis, and femoral head necrosis causing animal suffering and mortality and requiring antimicrobial use in poultry. Paradoxically, E. cecorum is a common inhabitant of the intestinal microbiota of adult chickens. Despite evidence suggesting the existence of clones with pathogenic potential, the genetic and phenotypic relatedness of diseaseassociated isolates remains little investigated. Here, we sequenced and analyzed the genomes and characterized the phenotypes of more than 100 isolates, the majority of which were collected over the last 10 years from 16 French broiler farms. Comparative genomics, genome-wide association studies, and the measured susceptibility to serum, biofilm-forming capacity, and adhesion to chicken type II collagen were used to identify features associated with clinical isolates. We found that none of the tested phenotypes could discriminate the origin of the isolates or the phylogenetic group. Instead, we found that most clinical isolates are grouped phylogenetically, and our analyses selected six genes that discriminate 94% of isolates associated with disease from those that are not. Analysis of the resistome and the mobilome revealed that multidrug-resistant clones of E. cecorum cluster into a few clades and that integrative conjugative elements and genomic islands are the main carriers of antimicrobial resistance. This comprehensive genomic analysis shows that disease-associated clones of E. cecorum belong mainly to one phylogenetic clade. IMPORTANCE Enterococcus cecorum is an important pathogen of poultry worldwide. It causes a number of locomotor disorders and septicemia, particularly in fast-growing broilers. Animal suffering, antimicrobial use, and associated economic losses require a better understanding of disease-associated E. cecorum isolates. To address this need, we performed whole-genome sequencing and analysis of a large collection of isolates responsible for outbreaks in France. By providing the first data set on the genetic diversity and resistome of E. cecorum strains circulating in France, we pinpoint an epidemic lineage that is probably also circulating elsewhere that should be targeted preferentially by preventive strategies in order to reduce the burden of E. cecorum-related diseases.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jeanne Laurentie) 23 Oct 2023

    https://hal.inrae.fr/hal-04004063v1
  • [hal-04281349] Analysis of French isolates of Enterococcus cecorum: Antimicrobial resis-tance and pathogenicity potential.

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jeanne Laurentie) 12 Nov 2023

    https://hal.science/hal-04281349v1
  • [hal-04281331] Analyse d'une collection d'isolats français d'Enterococcus cecorum : Résistance aux antimicrobiens et étude génomique

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jeanne Laurentie) 12 Nov 2023

    https://hal.science/hal-04281331v1
  • [hal-04281314] Comparative genome analysis of Enterococcus cecorum reveals intercontinental spread of a lineage of clinical poultry isolates

    ABSTRACT Enterococcus cecorum is an emerging pathogen responsible for osteomyelitis, spondylitis, and femoral head necrosis causing animal suffering, mortality, and requiring antimicrobial use in poultry. Paradoxically, E. cecorum is a common inhabitant of the intestinal microbiota of adult chickens. Despite evidence suggesting the existence of clones with pathogenic potential, the genetic and phenotypic relatedness of disease-associated isolates remains little investigated. Here, we sequenced and analyzed the genomes and characterized the phenotypes of more than 100 isolates, the majority of which were collected over the last ten years in 16 French broiler farms. Comparative genomics, genome-wide association study, and measured susceptibility to serum, biofilm forming capacity, and adhesion to chicken type II collagen were used to identify features associated with clinical isolates. We found that none of the tested phenotypes could discriminate origin of the isolates or phylogenetic group. Instead, we found that most clinical isolates are grouped phylogenetically and our analyses selected six genes that discriminate 94% of isolates associated with disease from those that are not. Analysis of the resistome and the mobilome revealed that multidrug-resistant clones of E. cecorum cluster in few clades and that integrative conjugative elements and genomic islands are the main carriers of antimicrobial resistance. This comprehensive genomic analysis shows that disease-associated clones of E. cecorum belong mainly to one phylogenetic clade. IMPORTANCE Enterococcus cecorum is an important pathogen in poultry worldwide. It causes a number of locomotor disorders and septicemia, particularly in fast-growing broilers. Animal suffering, antimicrobial use, and associated economic losses require a better understanding of disease-associated E. cecorum isolates. To address this need, we performed whole genome sequencing and analysis of a large collection of isolates responsible for outbreaks in France. By providing the first dataset on the genetic diversity and resistome of E. cecorum strains circulating in France, we pinpoint an epidemic lineage probably also circulating elsewhere and which should be targeted preferentially by preventive strategies in order to reduce the burden of E. cecorum -related diseases.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jeanne Laurentie) 12 Nov 2023

    https://hal.science/hal-04281314v1
  • [hal-05281013] Microbial computing: review and perspectives

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Paul Ahavi) 24 Sep 2025

    https://hal.science/hal-05281013v1
  • [hal-05231537] Machine learning in predictive biocatalysis: A comparative review of methods and applications

    In recent years, machine learning has significantly advanced predictive biocatalysis, enabling innovative approaches to enzyme function prediction, biocatalyst discovery, reaction modeling, and metabolic pathway optimization. This review provides a comparative analysis of current methodologies, highlighting the intersection between computational tools and biochemical data for predictive biocatalysis applications. Key aspects covered include enzyme classification, reaction annotation, enzyme-substrate specificity, reaction outcomes, and kinetic parameter prediction. We discuss various machine learning approaches, such as neural networks with increased depth, convolutional networks, graph-based architectures, and transformer models, highlighting their respective strengths and limitations. The integration of large-scale data, representation and featurization techniques, and robust validation methods has accelerated enzyme discovery and the development of eco-friendly, sustainable biocatalytic processes. In the future, machine learning is anticipated to play a central role in connecting computational insights with practical enzyme engineering efforts, advancing applications in synthetic biology, metabolic engineering, and green biocatalysis.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Neha Tripathi) 30 Aug 2025

    https://hal.science/hal-05231537v1
  • [hal-03493345] Engineering precursor pools for increasing production of odd-chain fatty acids in Yarrowia lipolytica

    Microbial production of lipids is one of the promising alternatives to fossil resources with increasing environmental and energy concern. Odd-chain fatty acids (OCFA), a type of unusual lipids, are recently gaining a lot of interest as target compounds in microbial production due to their diverse applications in the medical, pharmaceutical, and chemical industries. In this study, we aimed to enhance the pool of precursors with three-carbon chain (propionyl-CoA) and five-carbon chain (β-ketovaleryl-CoA) for the production of OCFAs in Yarrowia lipolytica. We evaluated different propionate-activating enzymes and the overexpression of propionyl-CoA transferase gene from Ralstonia eutropha increased the accumulation of OCFAs by 3.8 times over control strain, indicating propionate activation is the limiting step of OCFAs synthesis. It was shown that acetate supplement was necessary to restore growth and to produce a higher OCFA contents in total lipids, suggesting the balance of the precursors between acetyl-CoA and propionyl-CoA is crucial for OCFA accumulation. To improve β-ketovaleryl-CoA pools for further increase of OCFA production, we co-expressed the bktB encoding β-ketothiolase in the producing strain, and the OCFA production was increased by 33% compared to control. Combining strain engineering and the optimization of the C/N ratio promoted the OCFA production up to 1.87 ​g/L representing 62% of total lipids, the highest recombinant OCFAs titer reported in yeast, up to date. This study provides a strong basis for the microbial production of OCFAs and its derivatives having high potentials in a wide range of applications.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Young Kyoung Park) 02 Jan 2023

    https://hal.science/hal-03493345v1
  • [anses-04718638] Avis de l'Anses relatif à l’évaluation du phosphite de tris(4-nonylphényle, ramifié) et son identification en tant que substance extrêmement préoccupante (SVHC) dans le cadre de REACH

    Dans le cadre de la procédure d’évaluation des substances prévue par le Règlement REACH n°1907/2006 (articles 44 à 48), les Etats Membres de l’Union européenne et des pays de l’Espace économique européen (à savoir la Norvège, l’Islande et le Liechtenstein ) évaluent chaque année des substances jugées prioritaires, dans le but de clarifier une ou des préoccupation(s) émanant de la fabrication et/ou de l’utilisation de ces substances et qui pourrai(en)t entraîner un risque pour la santé humaine et/ou pour l’environnement. Ces substances sont inscrites sur le plan d’action continu communautaire (CoRAP), publié sur le site internet de l’Agence européenne des produits chimiques (ECHA) avec une courte description des préoccupations initialement identifiées pour chacune des substances. Dans la majorité des cas, ces préoccupations initiales sont liées aux propriétés de danger, en combinaison avec une utilisation susceptible de conduire à une dispersion environnementale ou des usages générant une exposition pour les consommateurs. Les États membres peuvent cibler leur évaluation sur la préoccupation initiale, mais peuvent aussi l’élargir à tout ou partie des autres propriétés de la substance. A l’issue des 12 mois d'évaluation par l’État membre évaluateur deux situations peuvent se présenter : a) des informations supplémentaires peuvent être demandées aux déclarants des substances, si ces données additionnelles sont jugées nécessaires pour lever un doute sur un danger suspecté. Dans ce cas, un projet de décision est discuté au sein du Comité des Etats-membres (CEM) de l’Agence européenne des produits chimiques (ECHA) ; b) il peut être conclu qu'aucune donnée supplémentaire n'est nécessaire. Dans ce cas, un document de conclusion est rédigé. Ce document inclut le rapport d’évaluation, les conclusions de chaque section du danger évalué et les actions règlementaires envisagées telles que l’identification de la substance en tant que SVHC, une proposition de restriction ou de classification harmonisée. Par ailleurs, le règlement REACH prévoit que les substances chimiques ayant des propriétés de perturbation endocrinienne puissent être identifiées comme extrêmement préoccupantes (SVHC) en conformité avec son article 57(f). Pour cela, l’article 57(f) précise également que la substance doit présenter un niveau de préoccupation équivalent aux autres critères d’identification SVHC (CMR , PBT, vPvB ) en raison de ses propriétés de perturbation endocrinienne. Une identification SVHC a pour conséquence directe une obligation pour l’industrie de notifier à l’ECHA la présence de la substance dans les articles fabriqués ou importés contenant la substance à plus de 0,1% (tel que défini à l’art. 7 de REACH) et d’informer le destinataire d’un article de la présence de la substance (tel que défini à l’art. 33). Elle ouvre la possibilité d’une mise à l’autorisation (Annexe XIV du règlement) qui limiterait les usages de la substance en les conditionnant à l’octroi d’une autorisation temporaire et renouvelable. L’objectif de l’autorisation est d’aboutir à terme à une substitution des usages concernés de la substance. Dès l’identification SVHC, on peut néanmoins espérer un effort de substitution : il s’agit pour les filières de s’adapter en amont des limitations d’usages et pour les metteurs sur le marché de préserver leur image de marque. Le phosphite de tris(nonylphényl) (numéro CAS 26523-78-4) a été évalué pour la première fois dans le cadre du règlement sur les substances existantes (ESR, règlement (CEE) n° 793/93 du Conseil). Un rapport transitoire au titre de l'annexe XV et un rapport d'évaluation des risques ont été élaborés par la France et publiés en 2008. La substance a été incluse par la France dans le plan continu communautaire (CoRAP) de REACH pour l'évaluation des substances en 2013 pour les motifs de préoccupation initiaux concernant l'environnement : - propriétés PBT potentielles (persistance, bioaccumulation et toxicité) - utilisation par les consommateurs ; - exposition aux population sensibles ; - tonnage élevé (agrégé); - usages dispersifs ; - ratio de risque (RCR) élevé. Le phosphite de tris(nonylphényl) a été initialement enregistré dans REACH en tant que monoconstituant. Toutefois, au cours du processus d'évaluation de la substance, l'ECHA a estimé que l'identité de la substance devait être adaptée pour refléter de manière appropriée l'identité et la composition de la substance enregistrée. A cet égard, une décision a été adressée aux déclarants demandant des informations pour clarifier l'identité et la composition de la substance. En conséquence, l'identité et la composition ont été clarifiées et les numéros d'identification ont été modifiés en mars 2016. Les identifiants du phosphite de tris(nonylphényl) ont été modifiés comme suit: phosphite de tris(4-nonylphényle, ramifié) avec le numéro de liste 701-028-2 et sans numéro CAS spécifique. La procédure d’évaluation dans REACH porte spécifiquement sur cette substance. Au cours de l'évaluation de la substance, une préoccupation supplémentaire a été identifiée concernant les propriétés de perturbation endocrinien par i) la présence de l'impureté 4- nonylphénol ramifié ≥ 0,1% dans certaines formes commerciales de la substance et ii) la dégradation potentielle de la substance en 4-nonylphénol ramifié. Le 4-nonylphénol linéaire et ramifié est un groupe des substances identifiées comme extrêmement préoccupantes (SVHC) en raison de leur propriété de perturbateur endocrinien pour l’environnement. Par conséquent, en juillet 2019, la substance, sous ses formes commerciales contenant du 4- nonylphénol ramifié ≥ 0,1 % w/w en tant qu'impureté a été identifiée comme une substance extrêmement préoccupante (SVHC). Afin de clarifier la formation de 4-nonylphénol ramifié par la dégradation du phosphite de tris(4- 4-nonylphényle, ramifié) ainsi que la persistance de la substance, une décision SEV-D2114516891-47-01/F a été adressée aux déclarants de la substance en septembre 2020, demandant une étude d'hydrolyse (méthode d'essai : EU C.7/OECD TG 111) avec détection du 4-nonylphénol ramifié total et, si nécessaire, une étude de simulation sur la dégradation ultime dans les eaux de surface (minéralisation aérobie dans les eaux de surface - méthode d'essai EU C.25/OECD TG 309). A l’aune de l’ensemble des données disponibles examinées après réception de la réponse à cette demande, les données apparaissent suffisantes pour statuer sur la caractérisation de la substance au regard du danger PE. Aussi, et en conformité avec les procédures de l’ECHA, un document de conclusion de l’évaluation a été préparé, qui sera rendu public sur le site Internet de l’ECHA. Le présent avis a pour objet de présenter les conclusions de l’analyse de cette substance évaluée par l’Anses et la proposition d’identification SVHC issue de cette expertise.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jean-Ulrich Mullot) 02 Oct 2024

    https://anses.hal.science/anses-04718638v1
  • [hal-05313541] Caractérisation des biofilms in vitro et évaluation de la diversité génomique et de la transmission de Clostridioides difficile

    Clostridioides difficile est un pathogène anaérobie strict à Gram positif qui forme des spores et infecte les humains et les animaux. Il représente un défi de santé globale. Après un traitement antibiotique perturbant le microbiote intestinal, C. difficile peut se multiplier, produire des toxines et déclencher une infection. Il est le principal agent responsable de diarrhées nosocomiales et postantibiotiques, avec un taux de récidive de 15 à 25 %. Ses biofilms pourraient jouer un rôle dans la colonisation, la persistance et les récidives. Par ailleurs, les infections communautaires augmentent, en raison du caractère ubiquitaire des spores dans l’environnement, chez les animaux d’élevage et de compagnie, ainsi que dans de nombreuses matrices alimentaires. L’INRAE et l'Anses ont isolé d'équidés autopsiés en Normandie entre 2018 et 2021, 35 souches de C. difficile (dont 26 toxinogènes) de 11 ribotypes (RT) déterminés par le CNR Clostridioides difficile. Parallèlement, l’INRAE a collecté 28 souches toxinogènes isolées de patients des CHU de Rouen et de Caen durant la même période, et de 8 ribotypes confirmés par le CNR et identiques à ceux des souches toxinogènes équines. Les objectifs de cette thèse étaient de caractériser les biofilms formés par les souches équines et d'évaluer la diversité génomique de ces souches et leur potentiel de transmission entre hôtes équins et humains. Le biovolume et la structure tridimensionnelle des biofilms intacts, et la biomasse des biofilms adhérents à la surface ont été étudiés en milieu riche (BHIS glucose). Pour des souches représentatives, les biofilms ont été comparés aux cultures planctoniques pour la production de toxines, de spores et la tolérance à la vancomycine en traitement précoce ou tardif. Le séquençage complet des génomes a été réalisé pour évaluer leur diversité et leur proximité phylogénétique. Mes résultats ont montré que les biofilms des souches non toxinogènes de RT 009 sont plus adhérents au support et plus denses que ceux des autres souches, qu'elles soient toxinogènes ou non. Pour les souches représentatives, les biofilms et les cultures planctoniques dans les mêmes conditions en milieu riche ne produisent pas de toxines détectables et sporulent faiblement. Alors que l’addition tardive de vancomycine à une concentration fortement inhibitrice n’a pas d’effet sur la viabilité, ni en culture, ni en biofilms, son addition précoce diminue nettement la viabilité en culture planctonique, mais faiblement en biofilm. Ainsi, l'addition précoce de vancomycine réduit la charge de C. difficile, mais son efficacité moindre en biofilms pourrait contribuer à la difficulté à l’éradiquer. Les analyses des 62 génomes ont révélé un pan-genome de 8419 gènes comprenant un core-genome de 23 % et un génome accessoire de 77 % traduisant une importante diversité. Par comparaison des différences alléliques (cgMLST), des souches isolées d’équidés présentaient une relation clonale (≤ 3 allèles), démontrant une transmission entre animaux, y compris de haras différents. De plus, une souche équine et une souche clinique montraient une grande similarité (3 allèles) suggérant une transmission inter-espèces, dont la source reste à déterminer. Mon travail a enrichi la compréhension de la menace posée par C. difficile pour la Santé Globale. Il a révélé deux propriétés importantes des biofilms : i) l'adhérence accrue au support des souches non toxinogènes de RT 009, qui pourrait défavoriser la colonisation ultérieure par des souches toxinogènes, ii) la plus grande tolérance à un traitement précoce par la vancomycine, suggérant un rôle dans la persistance. Enfin, mon travail a contribué à une meilleure compréhension de l'épidémiologie de C. difficile et confirmé son potentiel de transmission inter-espèces.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Anaïs Lemaire) 14 Oct 2025

    https://hal.inrae.fr/hal-05313541v1
  • [hal-05314760] L’interaction entre Clostridioides difficile et ses holobiontes, notamment les animaux d’élevage : infection/portage asymptomatique et rôle du microbiote intestinal.

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Isabelle Poquet) 14 Oct 2025

    https://hal.inrae.fr/hal-05314760v1
  • [hal-05314531] Clostridioides difficile chez les Equidés et les patients en Normandie: évaluation de la diversité génomique et de la transmission

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Anaïs Lemaire) 14 Oct 2025

    https://hal.inrae.fr/hal-05314531v1
  • [hal-05310034] A global partnership to advance the microbiome in human, plant, animal, and planetary health

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Lita M Proctor) 11 Oct 2025

    https://hal.inrae.fr/hal-05310034v1
  • [hal-04259137] Microbiome Interconnectedness throughout Environments with Major Consequences for Healthy People and a Healthy Planet

    Microbiomes have highly important roles for ecosystem functioning and carry out key functions that support planetary health, including nutrient cycling, climate regulation, and water filtration. Microbiomes are also intimately associated with complex multicellular organisms such as humans, other animals, plants, and insects and perform crucial roles for the health of their hosts.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Angela Sessitsch) 25 Oct 2023

    https://hal.science/hal-04259137v1
  • [hal-05308852] Clostridioides difficile in Equidae necropsied in northwestern France, between 2019 and 2021

    Clostridioides difficile is an anaerobic, spore-forming enteropathogen, which is much more extensively studied in humans than animals, despite growing evidence supporting its importance in One Health. We evaluated C. difficile occurrence, diversity, circulation and virulence in French Equidae (n=100) after their necropsy in northwestern France (Normandy), from 2019 to 2021. We systematically recovered all cecal contents and any watery (possibly diarrheal) intestinal contents. We isolated C. difficile strains, determined their toxin gene profile by PCR and established their PCR-ribotype according to the WEBRIBO database. We also performed free toxin detection. Twenty-seven Equidae were positive for C. difficile and twenty had a toxigenic strain, including one animal also colonized by a non-toxigenic strain. Toxigenic isolates belonged to eight common ribotypes: i) 078 and 126 (tcdA+ tcdB+ cdt+ according to multiplex PCR, i.e. able to produce toxin A, toxin B and binary toxin), ii) 005, 012, 020, AI-53 and FR227 (tcdA+ tcdB+), and iii) 017 (tcdB+). Non-toxigenic isolates were of ribotypes 009, 035 and 439. Ribotypes 017 and 009 were predominant (n=5). In two cases, Equidae of the same premises shared the same ribotype, either 020 or 009. Free toxins were detected in four animals: they displayed signs of diarrhea and a C. difficile of ribotype 126 (n=1) or 017 (n=3) as the only detected enteropathogen, suggesting a C. difficile infection (CDI). Three of them had received antibiotics. Two had died from an entero-toxic infection, for which C. difficile ribotype 017 was the only identified cause. French Equidae were found to display common pathogenic C. difficile, and ribotype 017 was highly virulent. These findings are of concern from a One Health perspective. Importance C. difficile, a major enteropathogen widely disseminated in the environment, is a One Health issue. Animals are raising concern as human contamination sources. Equidae are in close contact with humans and also develop post-antibiotic and healthcare-associated CDIs. The systematic survey of Equidae necropsied from 2019 to 2021 in the leading region for horse breeding in France, revealed that 20% harbored pathogenic strains. These belonged to clinically important ribotypes, raising the possibility of cross-species, possibly zoonotic transmission. Free toxins, which are rarely tested in animals, were detected in four animals with signs of diarrhea and a toxigenic C. difficile as the only identified enteropathogen, suggesting CDI. In two of them, C. difficile ribotype 017 was the only identified cause of entero-toxic disease and death. French Equidae could play a role in the dissemination of pathogenic C. difficile and notably ribotype 017. They should be surveilled carefully from a One Health perspective.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Sandrine Petry) 10 Oct 2025

    https://hal.inrae.fr/hal-05308852v1
  • [hal-02941029] Sulfiredoxin Protects Mice from Lipopolysaccharide-Induced Endotoxic Shock

    Peroxiredoxins constitute a major family of cysteine-based peroxide-scavenging enzymes. They carry an intriguing redox switch by undergoing substrate-mediated inactivation via overoxidation of their catalytic cysteine to the sulfinic acid form that is reverted by reduction catalyzed by the sulfinic acid reductase sulfiredoxin (Srx). The biological significance of such inactivation is not understood, nor is the function of Srx1. To address this question, we generated a mouse line with a null deletion of the Srx1-encoding Srxn1 gene. We show here that Srxn1(-/-) mice are perfectly viable and do not suffer from any apparent defects under laboratory conditions, but have an abnormal response to lipopolysaccharide that manifests by increased mortality during endotoxic shock. Microarray-based mRNA profiles show that although the response of Srxn1(-/-) mice to lipopolysaccharide is typical, spanning all spectrum and all pathways of innate immunity, it is delayed by several hours and remains intense when the response of Srxn1(+/+) mice has already dissipated. These data indicate that Srx1 activity protects mice from the lethality of endotoxic shock, adding this enzyme to other host factors, as NRF2 and peroxiredoxin 2, which by regulating cellular reactive oxygen species levels act as important modifiers in the pathogenesis of sepsis.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Anne-Gaëlle Planson) 16 Sep 2020

    https://hal.inrae.fr/hal-02941029v1
  • [hal-05312484] Protein-protein interactions during exosporium formation: some keys to lock the spore

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Stéphanie Chamot) 13 Oct 2025

    https://hal.science/hal-05312484v1
  • [hal-05312010] Integrating Human Gut Microbiome Data at Scale: From Individuals to Multi-Layered Features in Clinical and Nutritional Studies.

    Understanding the human gut microbiome at the population scale requires bridging high-dimensional data with ecological meaning. This lecture examines how large metagenomic datasets, integrating taxonomic, functional, clinical, and nutritional layers, can reveal the global and local structures of the gut ecosystem, ranging from individual variability to collective ecological patterns. By analyzing tens of thousands of samples, new models describe microbiome diversity as a set of branching ecological states shaped by lifestyle, diet, and host physiology. These branches capture both resilience and degradation dynamics, highlighting key transitions that can inform precision nutrition and the development of next-generation fermented foods. With extensive data, beyond statistical correlations, this lecture emphasizes an ecological framework for interpretation: analyses must be anchored in ecological theory, validated across diverse computational pipelines, and informed by interdisciplinary methods. Prioritizing effect sizes over significance and maintaining a critical, exploratory interaction with data ensures that large-scale microbiome research remains biologically interpretable and actionable for human health.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Julien Tap) 13 Oct 2025

    https://hal.inrae.fr/hal-05312010v1
  • [hal-05304291] Unraveling gut microbiome latent structures: enterosignatures and microbial guilds

    The French Gut (FG) cohort is a large-scale citizen science initiative that provides a unique opportunity to explore gut microbiome (GM) heterogeneity within the French population, identifying key environmental and lifestyle factors as well as deviations linked to chronic diseases. The discovery of robust microbial patterns is a major challenge because of the high-dimension and inter-individual variability of the data. Enterosignatures (ES) address this by grouping microbiome compositions into a few groups which weighted combination accurately describe the original sample composition, revealing variations in GM and improving our understanding of its structural organization. While ES help explain inter-individual differences, microbial guilds -groups of microorganisms coexisting in similar ecological niches- offer another layer of insight. The relationship between ES and guilds remains largely unexplored, yet combining both could enhance our understanding of latent structures in the GM that are relevant in terms of metabolic functionality. To address this, we built a meta-cohort of approximately 6,000 individuals from nine large curated cohorts spanning ten countries, applying strict inclusion criteria such as minimal metadata (age, sex, body mass index, health status) and sequencing depth (> 20,000,000 reads), and analyzed it for comparison with the FG cohort pilot-phase (~ 3,000 individuals). Using NeighborFinder, a microbial network inference approach, we identified significant differences. Bacterial network topology varied across ES, with denser and more connected structures associated with individuals primarily represented by ES_Prev rather than ES_Bact. The metabolic potential of the individuals grouped by their primary ES also showed differences, with lower metabolic potential for the ES_Bact group. The topology of microbial network is specific for each ES, suggesting that the stratification of the cohort based on the microbial composition is an important preliminary step before analyzing the guilds composition and functions. This approach enhances our understanding of GM structure and its link to health and diseases.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Mathilde Sola) 08 Oct 2025

    https://hal.science/hal-05304291v1
  • [hal-05062188] Corrigendum de « Actualisation des recommandations de prise en charge des pneumonies aiguës communautaires chez l’adulte par la Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF) et la Société de pneumologie de langue française (SPLF). Avec le soutien de la Société de réanimation de langue française, (SRLF), de la Société française de microbiologie (SFM), de la Société française de radiologie (SFR) et de la Société française de médecine d’urgence (SFMU) »

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (A. Dinh) 09 May 2025

    https://u-picardie.hal.science/hal-05062188v1
  • [hal-04969936] Actualisation des recommandations de prise en charge des pneumonies aiguës communautaires chez l’adulte par la Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF) et la Société de pneumologie de langue française (SPLF). Avec le soutien de la Société de réanimation de langue française, (SRLF), de la Société française de microbiologie (SFM), de la Société française de radiologie (SFR) et de la Société française de médecine d’urgence (SFMU)

    La durée de traitement antibiotique est réduite à trois jours si le patient est cliniquement stable à J3. L’hémisuccinate d’hydrocortisone est indiqué en cas de pneumonie aiguë communautaire (PAC) grave et doit être instauré rapidement. L’indication des PCR multiplex respiratoire doit être réservée à certaines situations précises. L’échographie pleuropulmonaire peut être utilisée en première intention pour le diagnostic radiologique de PAC. Le scanner thoracique est indiqué en cas de radiographie thoracique douteuse ou non interprétable.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (A. Dinh) 27 Feb 2025

    https://u-picardie.hal.science/hal-04969936v1
  • [hal-05228203] Evaluation de la sensibilité à la temocilline des souches d'Haemophilus influenzae et Moraxella catarrhalis

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (E. Farfour) 28 Aug 2025

    https://hal.science/hal-05228203v1
  • [hal-03795044] Effects of Five Filamentous Fungi Used in Food Processes on In Vitro and In Vivo Gut Inflammation

    Food processes use different microorganisms, from bacteria to fungi. Yeast strains have been extensively studied, especially Saccharomyces cerevisiae. However, to date, very little is known about the potential beneficial effects of molds on gut health as part of gut microbiota. We undertook a comprehensive characterization of five mold strains, Penicillium camemberti, P. nalgiovense, P. roqueforti, Fusarium domesticum, and Geotrichum candidum used in food processes, on their ability to trigger or protect intestinal inflammation using in vitro human cell models and in vivo susceptibility to sodium dextran sulfate-induced colitis. Comparison of spore adhesion to epithelial cells showed a very wide disparity in results, with F. domesticum and P. roqueforti being the two extremes, with almost no adhesion and 20% adhesion, respectively. Interaction with human immune cells showed mild pro-inflammatory properties of all Penicillium strains and no effect of the others. However, the potential anti-inflammatory abilities detected for G. candidum in vitro were not confirmed in vivo after oral gavage to mice before and during induced colitis. According to the different series of experiments carried out in this study, the impact of the spores of these molds used in food production is limited, with no specific beneficial or harmful effect on the gut.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Maxime Poirier) 15 Feb 2024

    https://hal.inrae.fr/hal-03795044v1
  • [hal-04779338] Ultra-high throughput exploration of the glycoside-mediated interactions in gut microbiomes

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Gabrielle Potocki-Veronese) 13 Nov 2024

    https://hal.science/hal-04779338v1
  • [hal-01193881] Extensive comparison of genome wide transcription along pig small intestine and in Peyer’s patces by RNA-seq

    absent

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Núria Mach) 04 Sep 2015

    https://hal.science/hal-01193881v1
  • [hal-04783667] The nanomechanical properties of Lactococcus lactis pili are conditio- ned by the polymerized backbone pilin

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Mickaël Castelain) 14 Nov 2024

    https://hal.science/hal-04783667v1
  • [hal-04833227] Alteration of Cardiolipin-Dependent Mitochondrial Coupling in Muscle Protects against Obesity

    The tubular shape of mitochondrial cristae depends upon a specific composition of the inner mitochondrial membrane, including cardiolipin that allows strong curvature and promotes optimal organization of ATP synthase. Here we identify Hacd1, which encodes an enzyme involved in very long chain fatty acid biosynthesis, as a key regulator of composition, structure and functional properties of mitochondrial membranes in muscle. In Hacd1 -deficient mice, the reduced cardiolipin content was associated with dilation of cristae and caused defective phosphorylating respiration, characterized by absence of proton leak and oxidative stress. The skeletal muscle-specific mitochondrial coupling defect produced a global elevation in basal energy expenditure with increased carbohydrate and lipid catabolism, despite decreased muscle mass and locomotor capacities. Mice were protected against diet-induced obesity despite reduced muscle activity, providing an in vivo proof of concept that reducing mitochondrial coupling efficiency in skeletal muscle might be an actionable mechanism in metabolic disease conditions.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Alexandre Prola) 12 Dec 2024

    https://cnrs.hal.science/hal-04833227v1
  • [hal-04234744] Two phases model of ageing in mice: towards a better identification of age-related and late-life metabolic decline [Registered Report Stage 1 Protocol]

    <p>Abstract: Since being described in <em>Drosophila melanogaster</em> in 2011, the Smurf phenotype, has been seen to be evolutionarily conserved in nematode and zebrafish, and has helped to identify the discontinuous nature of ageing and predict impending death from natural causes as well as from environmental stresses. This phenotype allowed us to model ageing as being made of two successive phases : a phase A where individuals are healthy and have no risk of mortality but an age-dependent increasing risk of entering phase B, followed by a phase B where individuals show the so-called hallmarks of ageing and a high risk of death. We will test here whether these two consecutive phases of ageing separated by the Smurf transition are a conserved feature of ageing in the classical mammalian laboratory model <em>Mus musculus</em>. Thanks to a longitudinal longevity study using both males and females from two different mouse genetic backgrounds and by integrating physiological, metabolic and molecular measurements with the life history of approximately 150 mice, we are attempting to identify a phenotypic signature typical of the last phase of life, observable at any chronological age. Validating the two-phase ageing model in a mammalian organism would allow the high risk of imminent death to be better characterized in this model and would extend its implications to a broader range of species for aging research. </p>

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Céline Cansell) 10 Oct 2023

    https://hal.science/hal-04234744v1
  • [cea-04065971] A proteome scale study reveals how plastic surfaces and agitation promote protein aggregation

    Protein aggregation in biotherapeutics can reduce their activity and effectiveness. It may also promote immune reactions responsible for severe adverse effects. The impact of plastic materials on protein destabilization is not totally understood. Here, we propose to deconvolve the effects of material surface, air/liquid interface, and agitation to decipher their respective role in protein destabilization and aggregation. We analyzed the effect of polypropylene, TEFLON, glass and LOBIND surfaces on the stability of purified proteins (bovine serum albumin, hemoglobin and α-synuclein) and on a cell extract composed of 6000 soluble proteins during agitation ( P = 0.1–1.2 W/kg). Proteomic analysis revealed that chaperonins, intrinsically disordered proteins and ribosomes were more sensitive to the combined effects of material surfaces and agitation while small metabolic oligomers could be protected in the same conditions. Protein loss observations coupled to Raman microscopy, dynamic light scattering and proteomic allowed us to propose a mechanistic model of protein destabilization by plastics. Our results suggest that protein loss is not primarily due to the nucleation of small aggregates in solution, but to the destabilization of proteins exposed to material surfaces and their subsequent aggregation at the sheared air/liquid interface, an effect that cannot be prevented by using LOBIND tubes. A guidance can be established on how to minimize these adverse effects. Remove one of the components of this combined stress - material, air (even partially), or agitation - and proteins will be preserved.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Marion Schvartz) 12 Sep 2023

    https://cea.hal.science/cea-04065971v1
  • [hal-03105418] Cardiolipin content controls mitochondrial coupling and energetic efficiency in muscle

    Unbalanced energy partitioning participates in the rise of obesity, a major public health concern in many countries. Increasing basal energy expenditure has been proposed as a strategy to fight obesity yet raises efficiency and safety concerns. Here, we show that mice deficient for a muscle-specific enzyme of very-long-chain fatty acid synthesis display increased basal energy expenditure and protection against high-fat diet–induced obesity. Mechanistically, muscle-specific modulation of the very-long-chain fatty acid pathway was associated with a reduced content of the inner mitochondrial membrane phospholipid cardiolipin and a blunted coupling efficiency between the respiratory chain and adenosine 5′-triphosphate (ATP) synthase, which was restored by cardiolipin enrichment. Our study reveals that selective increase of lipid oxidative capacities in skeletal muscle, through the cardiolipin-dependent lowering of mitochondrial ATP production, provides an effective option against obesity at the whole-body level.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Alexandre Prola) 26 Jan 2021

    https://institut-agro-dijon.hal.science/hal-03105418v1
  • [hal-05192522] Extracellular DNA filaments associated with surface polysaccharide II give Clostridioides difficile biofilm matrix a network-like structure

    Clostridioides difficile is an anaerobic, spore-forming, Gram-positive bacterium, and a leading cause of healthcare-associated intestinal infections. Recurrences occur frequently, most of them being relapses. Apart from spores, C. difficile biofilm is hypothesized as a reservoir for relapses. Thus, increased knowledge on in vitro biofilm formation and characteristics is required. We finely characterized the matrix components in 4 C. difficile strains. Confocal microscopy revealed for the first time the presence of eDNA filaments connecting bacteria, with a spider's web-like organization. Biofilm disruption with DNase I suggests that eDNA, even in low abundance, plays a key role in the biofilm scaffold, maintaining biofilm cohesion by connecting bacteria. Observation of strong overlapping staining, particularly in the highest biofilm-producing strain tested between eDNA and polysaccharide II or lipoprotein CD1687, suggests that interactions between these components may enhance biofilm cohesion. Whereas autolysis does not appear to be a major way of matrix component release under our conditions, eDNA was sometimes associated with lipidic round shapes that can evoke vesicle structures. Together, these results suggest that the bacterial aggregation and structuring of the C. difficile biofilm involve several components of the matrix, including eDNA, interacting with each other to build the scaffold of biofilm.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Tania Kamwouo) 30 Jul 2025

    https://hal.inrae.fr/hal-05192522v1
  • [hal-05302330] High Content Screening Confocal Imaging, new perspectives in biofilm research

    The functional properties of biofilms are intimately related to their spatial architecture. Their resistance to antimicrobial agents due to diffusion and/or reaction delays is a telling example of the importance of the matrix shape and the three-dimensional organization of cells. Moreover, microorganisms within biofilms respond to heterogeneous local environmental conditions because of the chemical gradients that are generated by three dimensional structures, resulting in the emergence of novel and global community functions. Structural data are therefore of prime importance to better understand the complex behavioral and survival strategies of biofilms and ultimately to improve the control of these biological structures. Confocal Laser Scanning Microscopy (CLSM) is one of the tools most widely used at present to study biofilm structure because it enables the direct in situ and non-destructive investigation of native multicellular structures using specific fluorescent markers. The emergence of fully automated High Content Screening (HCS) systems and the associated automation of image quantification, is radically amplifying the flow of available biofilm structural data. We will present in this poster examples of new types of information that are accessible these news pipelines, such as large scale biofilms structural dynamics, 4D genes expression patterns, spatial interaction patterns between species and cohesion measurements. Meta-analysis of the direct and indirect variants generated by HCS-CLSM will participate to a better biological understanding of biofilms traits.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Julien Deschamps) 09 Oct 2025

    https://hal.science/hal-05302330v1
  • [anses-04616159] Avis de l'Anses relatif à l’analyse des options de gestion réglementaires du disulfure de carbone (n°CAS : 75-15-0) dans le cadre de la réglementation REACH

    En application des protocoles d’accord du 28 juillet 2017 et du 7 juin 2022 relatifs à l’organisation de l’Anses et des ministères de tutelle pour la mise en œuvre des Règlements REACh et CLP, un programme de travail annuel est établi entre l’Anses et les ministères de tutelle. Au sein de ce programme de travail, l’Anses identifie des substances chimiques pour lesquelles des risques pour la santé humaine et/ou l’environnement sont observés et analyse les options de gestion des risques règlementaires (Regulatory Management Option Analysis ou RMOA) afin d’apporter une aide à la décision aux ministères sur la /les mesure(s) de gestion des risques la/les plus appropriée(s) à adopter. Au cas par cas, elle approfondit dans le cadre du RMOA certains champs d’évaluation des dangers et des risques. Le programme de travail 2022 comportait la réalisation d’une analyse des options de gestion règlementaires concernant le disulfure de carbone (N° CAS : 75-15-0). Le choix de cette substance fait suite aux conclusions de l’Anses dans le cadre du règlement REACh (Anses, 2021 ; 2022). Les RMOA sont réalisés selon le format standard européen et comportent les informations suivantes : - les éléments de contexte relatifs aux informations disponibles et à l’encadrement règlementaire existant des substances ; - les informations disponibles sur les dangers et les usages des substances, les tonnages, les risques pour la santé humaine ou l’environnement, les cas d’usages susceptibles d’entraîner des effets néfastes sur la santé et/ou l’environnement, etc…, en fonction des problématiques couvertes dans le RMOA ; - une justification de la nécessité de la mise en œuvre de mesures de gestion du risque au niveau européen ; - l’identification des différentes options de gestion du risque disponibles dans le cadre du règlement REACh, du règlement CLP, ou s’appuyant sur d’autres outils législatifs et réglementations sectorielles existants en fonction des usages identifiés de ces substances

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Luc Belzunces) 18 Jun 2024

    https://anses.hal.science/anses-04616159v1
  • [anses-04650967] Avis de l’Anses Relatif à l’analyse des options de gestion réglementaires de la substance 1,3-diphénylguanidine (N°CAS : 102-06-7) dans le cadre de la réglementation REACH

    En application des protocoles d’accord du 28 juillet 2017 et du 7 juin 2022 relatifs à l’organisation de l’Anses et des ministères de tutelle pour la mise en œuvre des Règlements REACh et CLP, un programme de travail annuel est établi entre l’Anses et ses ministères de tutelle. Au sein de ce programme de travail, sont listées des substances chimiques pour lesquelles des risques pour la santé humaine et/ou l’environnement sont observés et nécessitant de la part de l’Anses une analyse les options de gestion des risques règlementaires (Regulatory Management Option Analysis ou RMOA) afin d’apporter une aide à la décision aux ministères sur la/les mesure(s) de gestion des risques la/les plus appropriée(s) à adopter. Au cas par cas, elle approfondit dans le cadre du RMOA certains champs d’évaluation des dangers et des risques. Le programme de travail 2022 comportait la réalisation d’une analyse des options de gestion règlementaires concernant la substance 1,3-diphénylguanidine (DPG) (N° CAS : 102-06-7). Le choix de cette substance fait suite aux conclusions préliminaires de l’évaluation de la DPG menée par l’Anses dans le cadre du règlement REACh. Les RMOA sont réalisés selon le format standard européen et comportent les informations suivantes: - les éléments de contexte relatifs aux informations disponibles et à l’encadrement règlementaire existant des substances ; - les informations disponibles sur les dangers et les usages des substances, les tonnages, les risques pour la santé humaine ou l’environnement, les cas d’usages susceptibles d’entraîner des effets néfastes sur la santé et/ou l’environnement, etc…, en fonction des problématiques couvertes dans le RMOA ; - une justification de la nécessité de la mise en œuvre de mesures de gestion du risque au niveau européen ; - l’identification des différentes options de gestion du risque disponibles dans le cadre du règlement REACh, du règlement CLP, ou s’appuyant sur d’autres outils législatifs et réglementations sectorielles existants en fonction des usages identifiés de ces substances.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Sakina Mhaouty-Kodja) 17 Jul 2024

    https://anses.hal.science/anses-04650967v1
  • [anses-04473397] Avis de l’Anses relatif à l’évaluation des substances inscrites au programme de travail 2022-2023 de l’Agence dans le cadre de l’évaluation des substances sous REACH : 1,3,4,6,7,8-hexahydro-4,6,6,7,8,8-hexamethylindeno[5,6-c]pyran (n° CE 214-946-9 ; n° CAS 1222-05-5)

    Dans le cadre de la procédure d’évaluation des substances prévue par le Règlement REACHn°1907/2006 (articles 44 à 48), les Etats Membres de l’Union Européenne et des pays del’Espace économique européen (à savoir la Norvège, l’Islande et le Liechtenstein) évaluentchaque année des substances jugées prioritaires, dans le but de clarifier une (des)préoccupation(s) émanant de la fabrication et/ou de l’utilisation de ces substances et quipourrai(en)t entrainer un risque pour la santé humaine et/ou pour l’environnement. Cessubstances sont inscrites sur le plan d’action continu communautaire (CoRAP2), publié3 sur lesite internet de l’Agence européenne des produits chimiques (ECHA) avec une courtedescription des préoccupations initialement identifiées pour chacune des substances qui vaêtre évaluée. Dans la majorité des cas, ces préoccupations initiales émanent de données démontrant une toxicité de la substance, associées ou renforcées par des caractéristiquesd’exposition telles que : usages générant une dispersion des substances ou usages par destravailleurs et/ou les consommateurs.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Christophe Minier) 22 Feb 2024

    https://anses.hal.science/anses-04473397v1
  • [hal-05287276] Kynurenine aminotransferase and products thereof for the treatment of arthritic diseases

    The present invention relates to the treatment of an arthritic disease such as rheumatoid arthritis with a kynurenine aminotransferase, a living recombinant bacterium which has been genetically modified to express and secrete said kynurenine aminotransferase, and/or a product of said kynurenine aminotransferase which is xanthurenic acid, a derivative thereof, or any pharmaceutically acceptable salt or solvate thereof.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Harry Sokol) 28 Sep 2025

    https://hal.science/hal-05287276v1

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Modification date: 26 January 2024 | Publication date: 12 April 2019 | By: RB