Publications

[hal-03906999] FFCD 1709-SIRTCI phase II trial: Selective internal radiation therapy plus Xelox, Bevacizumab and Atezolizumab in liver-dominant metastatic colorectal cancer

Immune checkpoint inhibitors (ICI) have high efficacy in metastatic colorectal cancer (mCRC) with microsatellite instability (MSI) but not in microsatellite stable (MSS) tumour due to the low tumour mutational burden. Selective internal radiation therapy (SIRT) could enhance neoantigen production thus triggering systemic anti-tumoral immune response (abscopal effect). In addition, Oxalipatin can induce immunogenic cell death and Bevacizumab can decrease the exhaustion of tumour infiltrating lymphocyte. In combination, these treatments could act synergistically to sensitize MSS mCRCs to ICI SIRTCI is a prospective, multicentre, open-label, phase II, non-comparative single-arm study evaluating the efficacy and safety of SIRT plus Xelox, Bevacizumab and Atezolizumab (anti-programmed death-ligand 1) in patients with liver-dominant MSS mCRC. The primary objective is progression-free survival at 9 months. The main inclusion criteria are patients with MSS mCRC with liver-dominant disease, initially unresectable disease and with no prior oncologic treatment for metastatic disease. The trial started in November 2020 and has included 10 out of the 52 planned patients.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Violaine Randrian) 24 Jan 2023

https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03906999v1

[anses-04171242] Évaluation des impacts sur la santé publique de la dynamique des populations de renards

Le Renard roux (Vulpes vulpes) est une espèce de la faune sauvage. En tant que gibier, il peut être chassé par différents moyens. Il est de plus susceptible d’être inscrit, dans certains territoires, comme espèce susceptible d’occasionner des dégâts (ESOD) par arrêté ministériel triennal pris en application de l’article R.427-6 du Code de l’environnement. Nonobstant les restrictions sur les périodes de chasse, les animaux classés ESOD peuvent être éliminés toute l’année. En 2019 et pour trois ans, suite à des consultations départementales et un arbitrage ministériel, le renard a été classé ESOD dans 90 départements français. La décision de classement doit être motivée. Plusieurs arguments sont avancés pour ce classement : pertes dans les élevages avicoles ou de gibier, raisons sanitaires (par ex. : échinococcose alvéolaire, gale sarcoptique). Inversement, des bénéfices liés à la présence des renards sont également avancés, tels que la prédation de rongeurs (campagnols notamment), porteurs d’agents zoonotiques, la réduction d’utilisation de raticides, etc. ... Dans un rapport et avis sur le rôle épidémiologique du renard dans le système multihôtes de la tuberculose bovine (Anses 2021), l’Anses notait que l’importance des nuisances attribuées aux renards faisait l’objet de controverses et de polémiques en France. La présente saisine s’inscrit ainsi dans un contexte sociétal sensible impliquant notamment les associations de protection de la nature et les chasseurs ou les éleveurs. Les réponses à cette saisine visent à clarifier le rôle du renard dans l’épidémiologie de certaines zoonoses pour lesquelles il est présenté comme premier responsable de la transmission à l’humain, ce qui motive certains acteurs à proposer son classement en tant qu’ESOD.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Emmanuelle Gilot-Fromont) 04 Mar 2025

https://anses.hal.science/anses-04171242v1

[hal-04297740] Avis de l'Anses relatif à l’actualisation des repères alimentaires du PNNS pour les enfants de 0 à 3 ans

Les bases scientifiques nécessaires à l’établissement des repères alimentaires du Programme National Nutrition Santé (PNNS) ont été actualisées par l’Anses en 2016 pour les hommes et femmes adultes sur la base des nouvelles références nutritionnelles et des données actuelles de consommation et de composition des aliments (Anses 2016b). Ces repères concernant la population générale, hommes et femmes adultes hors populations particulières, le Directeur général de la santé a saisi l’Anses le 12 juillet 2016 afin que des repères soient également énoncés pour les populations spécifiques que constituent les femmes enceintes et allaitantes, les enfants et adolescents et les personnes âgées et les femmes ménopausées. Le présent avis porte sur les enfants âgés de 0 à 3 ans.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (François Mariotti) 21 Dec 2023

https://hal.inrae.fr/hal-04297740v1

[hal-04314263] Avis de l'Anses relatif à l’actualisation des repères alimentaires du PNNS pour les femmes enceintes ou allaitantes

Les bases scientifiques nécessaires à l’établissement des repères du Programme National Nutrition Santé (PNNS) ont été actualisées par l’Anses en 2016 pour la population générale adulte sur la base des nouvelles références nutritionnelles et des données récentes de consommation et de composition des aliments (Anses 2016b). Par ailleurs, l’activité physique a été traitée dans le rapport « Actualisation des repères du PNNS - Révisions des repères relatifs à l’activité physique et à la sédentarité », saisine n°2012-SA-0155, publié en 2016 (Anses 2016c). L’actualisation des repères alimentaires en vigueur dans le cadre du précédent PNNS 2011-2015 pour la population des femmes enceintes ou allaitantes se fonde sur l’analyse des recommandations existantes dans d’autres pays et sur les relations épidémiologiques entre la consommation de groupes d’aliments et la santé des femmes enceintes ou allaitantes et de leur enfant. Le présent avis porte sur les femmes enceintes et allaitantes dont la grossesse ne présente pas de risque particulier et n’est pas qualifiée de pathologique. Les risques liés à la consommation d’alcool par les femmes enceintes ou allaitantes ne sont pas traités dans le cadre de cet avis car c’est une question spécifique, indépendante des autres facteurs alimentaires, qui a fait l’objet d’évaluation et de procédure de gestion récentes (Santé publique France 2017).

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (François Mariotti) 21 Dec 2023

https://hal.inrae.fr/hal-04314263v1

[hal-02790439] Avis de l'Anses relatif à l’actualisation des repères alimentaires du PNNS pour les enfants de 4 à 17 ans

Les bases scientifiques nécessaires à l’établissement des repères alimentaires du Programme National Nutrition Santé (PNNS) ont été actualisées par l’Anses en 2016 pour la population générale adulte sur la base des nouvelles références nutritionnelles et des données actuelles de consommation et de composition des aliment (Anses 2016d). Ces repères concernant la population générale, hommes et femmes adultes hors populations particulières, le Directeur général de la santé a saisi l’Anses le 12 juillet 2016 afin que des repères soient également énoncés pour les populations spécifiques que constituent les femmes enceintes et allaitantes, les enfants et adolescents et les personnes âgées et les femmes ménopausées. Le présent avis concerne la population spécifique des enfants âgés de 4 à 17 ans.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (François Mariotti) 16 May 2024

https://hal.inrae.fr/hal-02790439v1

[hal-04688798] Comité français de cartographie

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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Hélène Richard) 05 Sep 2024

https://hal.science/hal-04688798v1

[hal-05062188] Corrigendum de « Actualisation des recommandations de prise en charge des pneumonies aiguës communautaires chez l’adulte par la Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF) et la Société de pneumologie de langue française (SPLF). Avec le soutien de la Société de réanimation de langue française, (SRLF), de la Société française de microbiologie (SFM), de la Société française de radiologie (SFR) et de la Société française de médecine d’urgence (SFMU) »

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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (A. Dinh) 09 May 2025

https://u-picardie.hal.science/hal-05062188v1

[hal-03949612] Both disease activity and HLA–B27 status are associated with gut microbiome dysbiosis in spondyloarthritis patients

Objective: Gut microbiome dysbiosis has previously been reported in spondyloarthritis (SpA) patients and could be critically involved in the pathogenesis of this disorder. The objectives of this study were to further characterize the microbiota structure in SpA patients and to investigate the relationship between dysbiosis and disease activity in light of the putative influence of the genetic background. Methods: Shotgun sequencing was performed on fecal DNA isolated from stool samples from 2 groups of adult volunteers: SpA patients (n = 102) and healthy controls (n = 63). A subset of the healthy controls comprised the age-matched siblings of patients whose HLA–B27 status was known. Changes in gut microbiota composition were assessed based on species diversity, enterotypes, and taxonomic and functional differences. Results: Dysbiosis was confirmed in SpA patients as compared to healthy controls. The restriction of microbiota diversity was detected in patients with the most active disease, and the abundance of several bacterial species was correlated with Bath Ankylosing Spondylitis Disease Activity Index score. Among healthy controls, significant differences in microbiota composition were also detected between the HLA–B27–positive and the HLA–B27–negative siblings of SpA patients. We highlighted a decreased abundance of several species of bacteria in SpA patients, especially those bacteria belonging to the Clostridiales order. Among the few species of bacteria showing increased abundance, Ruminococcus gnavus was one of the top differentiating species. Conclusion: These findings reveal that genetic background and level of disease activity are likely to influence the composition of the gut microbiota of patients with SpA. It may be appropriate for further research on chronic arthritis to focus on these key parameters

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Magali Berland) 07 Feb 2023

https://hal.science/hal-03949612v1

[hal-02652440] Gut microbiota after gastric bypass in human obesity: increased richness and associations of bacterial genera with adipose tissue genes

Background: Roux-en-Y gastric bypass (RYGB) surgery is one of the most efficient procedures for treating morbid obesity and results in weight-loss and improvements in metabolism and inflammation. Objective: We examined the impact of RYGB on modifications of gut microbiota and its potential associations with changes in gene expression in white adipose tissue (WAT). Design: Gut microbiota were profiled from fecal samples by using pyrosequencing in morbidly obese individuals, explored before (0 mo), 3 mo after, and 6 mo after RYGB. WAT gene expression was studied at 0 and 3 mo. We explored associations between microbial genera and differentially expressed genes in WAT and clinical markers. Results: The richness of gut microbiota increased after RYGB; 37% of increased bacteria belonged to Proteobacteria. The associations between gut microbiota composition and WAT gene expression increased after RYGB. Fourteen discriminant bacterial genera (7 were dominant and 7 were subdominant) and 202 WAT genes changed after RYGB. Variations in bacterial genera correlated with changes in both clinical phenotype and adipose tissue gene expression. Some genes encode metabolic and inflammatory genes. Almost half of the correlations were independent of the change in calorie intake. Conclusion: These results show an increase in gut microbiota richness and in the number of associations between gut microbiota and WAT genes after RYGB in obesity. Variations of gut microbiota were associated with changes in WAT gene expression. These findings stimulate deeper explorations of the mechanisms linking gut microbiome and WAT pathological alterations in human obesity and its changes after weight loss.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Ling-Chun Kong) 29 May 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02652440v1

[hal-02305445] Akkermansia muciniphila abundance is lower in severe obesity, but its increased level after bariatric surgery is not associated with metabolic health improvement

The gut bacterial species Akkermansia muciniphila is associated with a healthier clinical profile. The purpose of this study was to determine the association between A. muciniphila and glucose homeostasis in patients undergoing bariatric surgery (BS): gastric banding (GB) or Roux-en-Y gastric bypass (RYGB). This nonrandomized prospective study included 65 women with severe obesity. Longitudinal analysis included subjects for whom A. muciniphila data were available at follow-up [1, 3, and 12 mo; GB (n = 10) or RYGB (n = 11)]. Glucose homeostasis markers were measured under fasting conditions (glucose, insulin, and HbA1c) or during an oral glucose tolerance test. Fecal microbiota was analyzed using shotgun metagenomics, and A. muciniphila relative abundance was assessed with 16S rRNA quantitative PCR. A. muciniphila relative abundance was significantly lower in severe obesity [mean body mass index, 45.7 kg/m2 (SD 5.4)] than in moderate obesity [33.2 kg/m2 (SD 3.8)] but not associated with glucose homeostasis markers. A significant increase in A. muciniphila relative abundance after RYGB was not correlated with metabolic improvement. Baseline A. muciniphila abundance was correlated with bacterial gene richness and was highest in the high-richness Ruminococcaceae enterotype. A. muciniphila increased in relative abundance after BS in patients with low baseline A. muciniphila abundance, especially those with a Bacteroides type 2 enterotype classification. Although decreased in severe obesity, relative abundance of A. muciniphila was not associated with glucose homeostasis before or after BS. A certain level of A. muciniphila abundance might be required to observe a beneficial link to health. The severity of obesity and gut dysbiosis may partly explain the discrepancy with previous findings in less obese populations.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Maria Carlota Dao) 04 Oct 2019

https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02305445v1

[hal-05156898] Is plasma citrulline a good marker of hemodynamic status in malnourished patients with anorexia nervosa?

Objective Malnourished patients with anorexia nervosa (AN) have lower plasma citrulline level compared to healthy controls. Citrulline is a non-essential amino-acid synthetized by the enterocyte and has functions affecting cardiovascular status. The aim of the study is to describe citrulline plasma level and to assess its relationship with hemodynamic status in a cohort of malnourished adult patients with AN. Methods A retrospective observational study including malnourished patients with AN hospitalized between January 2018 and January 2019 for the treatment of severe malnutrition was carried out. Anthropometric measures, biochemical tests, and cardiac function indicators including doppler echocardiographic parameters were evaluated. Results Forty-eight patients with a median age of 29 [21–35.5] years old and body mass index (BMI) of 12 [10.5–-13.4] kg/m2 were included. Median systolic blood pressure (SBP) and median diastolic blood pressure (DBP) were respectively 99 [90–110] mmHg and 68 [59–73] mmHg. Median left ventricular ejection fraction (LVEF) was at 65 [58–69] %. Plasma citrulline level was under the normal range in 58% of patients and was positively correlated with fat mass, stroke volume, and left ventricular end diastolic volume, but not BMI. Conclusion Citrulline level may be an innovative associated marker of hemodynamic status in malnourished patients with AN. Further research and prospective studies are needed to elucidate the specific pathways involved

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Lama Mattar) 10 Jul 2025

https://hal.inrae.fr/hal-05156898v1

[hal-02640544] Lipid-rich diet enhances L-cell density in obese subjects and in mice through improved L-cell differentiation

The enterohormone glucagon-like peptide-1 (GLP-1) is required to amplify glucose-induced insulin secretion that facilitates peripheral glucose utilisation. Alteration in GLP-1 secretion during obesity has been reported but is still controversial. Due to the high adaptability of intestinal cells to environmental changes, we hypothesised that the density of GLP-1-producing cells could be modified by nutritional factors to prevent the deterioration of metabolic condition in obesity. We quantified L-cell density in jejunum samples collected during Roux-en-Y gastric bypass in forty-nine severely obese subjects analysed according to their fat consumption. In mice, we deciphered the mechanisms by which a high-fat diet (HFD) makes an impact on enteroendocrine cell density and function. L-cell density in the jejunum was higher in obese subjects consuming > 30 % fat compared with low fat eaters. Mice fed a HFD for 8 weeks displayed an increase in GLP-1-positive cells in the jejunum and colon accordingly to GLP-1 secretion. The regulation by the HFD appears specific to GLP-1-producing cells, as the number of PYY (peptide YY)-positive cells remained unchanged. Moreover, genetically obese ob/ob mice did not show alteration of GLP-1-positive cell density in the jejunum or colon, suggesting that obesity per se is not sufficient to trigger the mechanism. The higher L-cell density in HFD-fed mice involved a rise in L-cell terminal differentiation as witnessed by the increased expression of transcription factors downstream of neurogenin3 (Ngn3). We suggest that the observed increase in GLP-1-positive cell density triggered by high fat consumption in humans and mice might favour insulin secretion and therefore constitute an adaptive response of the intestine to balance diet-induced insulin resistance.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Thomas Aranias) 28 May 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02640544v1

[hal-03856549] Faecal microbiota study reveals specific dysbiosis in spondyloarthritis

Altered microbiota composition or dysbiosis is suspected to be implicated in the pathogenesis of chronic inflammatory diseases, such as spondyloarthritis (SpA) and rheumatoid arthritis (RA). Methods 16S ribosomal RNA gene sequencing was performed on faecal DNA isolated from stool samples in two consecutive cross-sectional cohorts, each comprising three groups of adult volunteers: SpA, RA and healthy controls (HCs). In the second study, HCs comprised a majority of aged-matched siblings of patients with known HLA-B27 status. Alpha and beta diversities were assessed using QIIME, and comparisons were performed using linear discriminant analysis effect size to examine differences between groups. Results In both cohorts, dysbiosis was evidenced in SpA and RA, as compared with HCs, and was disease specific. A restriction of microbiota biodiversity was detected in both disease groups. The most striking change was a twofold to threefold increased abundance of Ruminococcus gnavus in SpA, as compared with both RA and HCs that was significant in both studies and positively correlated with disease activity in patients having a history of inflammatory bowel disease (IBD). Among HCs, significant difference in microbiota composition were also detected between HLA-B27+ and HLA-B27 negative siblings, suggesting that genetic background may influence gut microbiota composition. Conclusion Our results suggest that distinctive dysbiosis characterise both SpA and RA and evidence a reproducible increase in R. gnavus that appears specific for SpA and a marker of disease activity. This observation is consistent with the known proinflammatory role of this bacteria and its association with IBD. It may provide an explanation for the link that exists between SpA and IBD.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Maxime Breban) 16 Nov 2022

https://hal.inrae.fr/hal-03856549v1

[hal-04314199] Avis de l'Anses relatif à l’actualisation des repères alimentaires du PNNS pour les femmes dès la ménopause et les hommes de plus de 65 ans

Les bases scientifiques nécessaires à l’établissement des repères alimentaires du Programme National Nutrition Santé (PNNS) ont été actualisées par l’Anses en 2016 pour la population générale adulte sur la base des nouvelles références nutritionnelles et des données actuelles de consommation et de composition des aliment (Anses 2016c). Ces repères concernant la population générale, hommes et femmes adultes hors populations particulières, le Directeur général de la santé a saisi l’Anses le 12 juillet 2016 afin que des repères soient également énoncés pour les populations spécifiques que constituent les femmes enceintes et allaitantes, les enfants et adolescents, les personnes âgées et les femmes ménopausées. Le présent avis concerne la population spécifique des femmes dès la ménopause et des hommes de plus de 65 ans.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (François Mariotti) 21 Dec 2023

https://hal.inrae.fr/hal-04314199v1

[hal-02795354] Avis en réponse à la saisine HCB - dossier EFSA-GMO-RX-003. Paris, le 9 décembre 2016

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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 05 Jun 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02795354v1

[hal-02789356] Avis en réponse à la saisine HCB - dossier C/NL/04/02_001. Paris, le 13 mars 2017

Le Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a été saisi d’une demande d’avis relative au dossier C/NL/04/02_001 dans le but d’éclairer les autorités compétentes françaises, à la suite de leur objection de principe à la mise sur le marché de cet OGM auprès de la Commission européenne dans l’attente de l’évaluation du dossier par le HCB. Déposé par la société Suntory Flowers Limited, Tokyo, Japan (anciennement Florigene) auprès des autorités compétentes néerlandaises sur le fondement de la directive 2001/18/CE, ce dossier est une demande de renouvellement d’autorisation de mise sur le marché d’œillets génétiquement modifiés FLO-40644-6 à des fins d’importation et de commercialisation de fleurs coupées dans l’Union européenne Description du produit La lignée d’œillets 123.2.38 (Evénement Florigene MoonliteTMFLO-40644-6) est modifiée génétiquement par introduction de deux gènes de pétunia, dfret f3’5’h, impliqués dans la voie de biosynthèse des anthocyanes. Leur expression confère aux fleurs une coloration violette résultant de l’accumulation de delphinidine. Cette lignée exprime également le gène muté SuRB(als) d’acétolactate synthase de Nicotiana tabacumconférant une tolérance aux herbicides de la famille des sulfonylurées, utilisée uniquement pour la sélection des transformants primaires. La transformation génétique a été réalisée à l’aide la souche désarmée d’Agrobacterium tumefaciens AGL0 contenant les cassettes d’expression au sein de l’ADN-T du plasmide pCGP1470. Les analyses initiales du dossier datant de 2006 ont montré l’insertion de deux copiesde l’ADN-T en des sites différents du génome des plantes hôtes. La première copie exprime l’ensemble des gènes transférés et comporte un fragment du plasmide vecteur situé à l’extérieur de la bordure gauche de l’ADN-T. La seconde copie contient un ADN-T incomplet, comprenant un fragment tronqué du gène dfr et de son terminateur.Grâce à la séquence d’un génome d’œillet publiée en 2014, les deux loci d’insertion ont pu être situés sur deux fragments génomiques («scaffolds») différents. Aucune séquence codante n’est interrompue par les insertions. Le caractère de coloration est stable dans les fleurs produites depuis 1998 par bouturages successifs. Impact sur la santé humaine et animale La demande concerne un usage exclusivement ornemental; les œillets ne sont pas destinés à l’alimentation humaine et animale. Dans l’hypothèse d’une consommation fortuite, le pétitionnaire a évalué la toxicité ainsi que le potentiel allergénique de la lignée 123.2.38. La delphinidine existe naturellement dans beaucoup d’autres plantes et fruits comestibles (myrtilles, mûres), elle n’est pas connue pour être toxique ou allergène. L’acétolactate synthase (ALS) est une enzyme présente dans les plantes, les bactéries et les champignons. La forme mutée du gène de l’ALS du tabac (SuRB) présente dans la lignée d’œillets 123.2.38n’est pas associée à un risque sanitaire particulier. Dans la demande de renouvellement, une analyse complémentaire des ORF potentiellement créés à la jonction des deux sites d’insertion a été réalisée. Les analyses bioinformatiques datant de 2016 indiquent l’absence d’homologie avec des allergènes ou des toxines. Risques de dispersion et impact sur l’environnement Les risques potentiels pour l’environnement concernent les risques de dispersion des transgènes et leurs conséquences. Suite à la mise sur le marché de fleurs coupées d’œillets génétiquement modifiés, les transgènes qu’ils portent pourraient théoriquement être dispersés suite à une multiplication végétative, une dispersion de pollen vers d’autres œillets ou espèces apparentées, ou une dispersion de graines qui se seraient développées sur les fleurs coupées. En pratique: - une multiplication végétative serait impossible naturellement à partir de fleurs coupées; elle serait difficile mais possible par des techniques de bouturage spécifiques appliquées par des individus expérimentés; - une dispersion de pollen vers d’autres œillets ou espèces apparentées serait peu probable compte tenu: (1) de l’environnement dans lequel les fleurs coupées sont placées (essentiellement des habitations), (2) de la relative faiblesse de la production de pollen des œillets cultivés comparée à celle des œillets «sauvages», (3) du caractère uniquement entomophile de la pollinisation (principalement via des lépidoptères, qui n’ont pas un comportement de butinage optimal), 4) de la faible viabilité du pollen une fois qu’il est accessible aux insectes, c’est-à-dire une fois que la fleur est ouverte, (5) de la durée de vie et des conditions de conservation des fleurs coupées, et (6) de la distance de dispersion relativement courte (quelques centaines de mètres). - une dispersion de graines qui se seraient développées sur les fleurs coupées serait très improbable considérant notamment que le processus de développement des graines dure cinq semaines à deux mois et qu’une fleur coupée en vase ne survit pas sur cette durée. Par ailleurs, dans le cas peu probable d’une dispersion dans l’environnement, des plantes porteuses du transgène SurB ne présenteraient pas d’avantage sélectif, sauf dans le cas particulier où elles seraient exposées à des herbicides dont la seule matière active est le flazasulfuron. L’évaluation phénotypique comparative présentée dans le dossier de renouvellement ne met pas en évidence de risque accru de dispersion par reproduction sexuée et flux de gènes. Le CS du HCB recommande cependant, que, si elle était autorisée, la mise sur le marché des œillets FLO-40644-6 soit accompagnée de mesures propres à répondre au risque de dispersion par bouturage par une communication à l’attention des sociétés d’amateurs quant aux possibilités de diffusion non contrôlée des œillets transgéniques. Plans de surveillance post-commercialisation Considérant les résultats de l’analyse de risques et l’utilisation prévue des œillets dans la demande d’autorisation de mise sur le marché C/NL/04/02, le CS du HCB s’accorde avec le pétitionnaire sur le fait qu’un plan de surveillance spécifique n’est pas nécessaire. Le CS du HCB approuve l’approche générale et les méthodes du plan de surveillance générale indiquées par le pétitionnaire en accord avec la directive 2001/18/CE. Il inclut l’étiquetage spécifique des fleurs, la constitution de réseaux d’experts, une surveillance des populations de Dianthus sauvages à travers des institutions spécialisées, et une veille documentaire et bibliographique. Il n’apparaît pas utile de prolonger la surveillance post-commercialisation au-delà de la période couverte par l’autorisation, sachant que la surveillance générale réalisée sur une période de 10 ans n’a montré aucun effet adverse pour la santé humaine et animale ou l’environnement. Pour améliorer la surveillance de terrain sur les espèces endémiques de Dianthus en France, des experts français du secteur public ou privé, comme par exemple des experts de conservatoires botaniques, devraient être incités par les autorités compétentes à se rapprocher du pétitionnaire pour conduire avec lui la veille de terrain qu’il souhaite réaliser et qui contribue à faire progresser la connaissance scientifique. Conclusions Au terme de l’analyse de l’ensemble des données fournies par le pétitionnaire et de données supplémentaires disponibles dans la littérature scientifique, le CS du HCB note que: -Aucun risque particulier de toxicité ni d’allergénicité n’a été identifié suite à l’évaluation et l’analyse bioinformatique de lignée d’œillets 123.2.38 (Evénement Florigene Moonlite TM FLO-40644-6), de la delphinidine, de l’enzyme mutante ALS, ou des ORFs potentiels créés par la modification génétique. - Il est improbable que les fleurs coupées d’œillet produisent des graines; le risque de dispersion par des graines produites par ces fleurs est donc quasi nul. - Le risque de dispersion de gènes par le pollen de fleurs coupées d’œillet est faible mais non nul. Il ne lui serait cependant pas associé d’impact environnemental significatif. - La dispersion par bouturage est difficile à réaliser mais possible par des techniques adaptées. Le CS du HCB recommande que, si elle était autorisée, la mise sur le marché des œillets FLO-40644-6 soit accompagnée de mesures propres à répondre au risque de dispersion par bouturage par une communication à l’attention des sociétés d’amateurs quant aux possibilités de diffusion non contrôlée des œillets transgéniques. - Le plan de surveillance proposé par le pétitionnaire est adapté à l’utilisation prévue des œillets Florigene Moonlite TM FLO-40644-6 dans la demande d’autorisation de renouvellement de mise sur le marché. Le CS du HCB considère qu’il n’apparaît pas utile de prolonger la surveillance post-commercialisation au-delà de la période couverte par l’autorisation, sachant que la surveillance générale réalisée sur une période de 10 ans n’a montré aucun effet adverse pour la santé humaine et animale ou l’environnement. - Pour améliorer la surveillance de terrain sur les espèces endémiques de Dianthus en France, des experts français du secteur public ou privé, comme par exemple des experts de conservatoires botaniques, devraient être incités par les Autorités compétentes à se rapprocher du pétitionnaire pour conduire avec lui la veille de terrain qu’il souhaite réaliser et qui contribue à faire progresser la connaissance scientifique. De plus, afin de vérifier le bon fonctionnement de la surveillance générale, il pourrait être envisagé de s’assurer de la puissance du dispositif et de la robustesse de la surveillance, ceci par une collaboration entre le pétitionnaire et les autorités compétentes des Etats membres ou d’autres organisations.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Claude Bagnis) 05 Jun 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02789356v1

[hal-02789394] Avis en réponse à la saisine HCB - dossier 2018-150. Paris, le 24 octobre 2018

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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 05 Jun 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02789394v1

[hal-02917605] Avis en réponse à la saisine HCB - dossier NL-2005-23. Paris, le 21 octobre 2015

Le Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a été saisi le 17 juillet 2015 par les autorités compétentes françaises (le ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt) d’une demande d’avis relative au dossier EFSA-GMO-NL-2005-23 de demande d’autorisation de mise sur le marché du maïs génétiquement modifié 59122 pour la culture, l’importation, la transformation, l’alimentation humaine et animale. Ce dossier a été déposé conjointement par les sociétés Pioneer Hi-Bred International et Mycogen Seeds c/o Dow AgroSciences LLC sur le fondement du règlement (CE) n°1829/2003 auprès de l’Autorité européenne de sécurité des aliments via les autorités compétentes néerlandaises, sous la référence EFSA-GMO-NL-2005-23. Par cette saisine, les autorités compétentes françaises consultent le HCB au stade ultime de la préparation au vote des Etats membres à la Commission européenne. Le Comité scientifique (CS)2 du HCB a examiné le dossier en séance du 24 septembre 2015 sous la présidence de Jean-Christophe Pagès. Le présent avis a été adopté par voie électronique le 21 octobre 2015 et publié le 2 décembre 2015.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 19 Aug 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02917605v1

[hal-02917630] Avis en réponse à la saisine HCB - dossier C/NL/06/01_001. Paris, le 17 octobre 2018

Le Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a été saisi le 14 août 2018 par les autorités compétentes françaises (le ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation) d’une demande d’avis relative au dossier C/NL/06/01_001 de demande de renouvellement d’autorisation de mise sur le marché de la lignée d’oeillets génétiquement modifiés 123.8.12 (identificateur unique FLO- 40689-6) à des fins d’importation et de commercialisation de fleurs coupées. Ce dossier a été déposé par la société Suntory Flowers Limited auprès des autorités compétentes néerlandaises sur le fondement de la directive 2001/18/CE. Conformément à cette directive, la Commission européenne a adressé le rapport d’évaluation des Pays-Bas ainsi que le dossier du pétitionnaire à l’ensemble des Etats membres, qui disposent de 60 jours pour faire des commentaires, demander des informations complémentaires ou émettre des objections à la mise sur le marché. Par cette saisine, les autorités compétentes françaises consultent le HCB dans cette perspective, en amont du vote des Etats membres à la Commission européenne. Le Comité scientifique (CS)2 du HCB a examiné le dossier en séance du 17 octobre 2018 sous la présidence de Jean-Christophe Pagès. Le présent avis a été adopté en séance et publié le 23 octobre 2018.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 19 Aug 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02917630v1

[hal-02790350] Avis en réponse à la saisine HCB - EFSA-GMO-ES-2018-154. Paris, le 5 avril 2019

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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 05 Jun 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02790350v1

[hal-02788108] Avis en réponse à la saisine HCB - dossier EFSA-GMO-RX-013. Paris, le 30 janvier 2019

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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 05 Jun 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02788108v1

[hal-02917686] Avis en réponse à la saisine du 2 juillet 2020 relative au projet de décret modifiant l’article D.531-2 du code de l'environnement

Les analyses contenues dans le rapport de surveillance de Bayer Agriculture BVBA ne font apparaître aucun problème majeur associé à la culture de maïs MON 810 en 2018. Toutefois, le CS du HCB identifie encore certaines faiblesses et limites méthodologiques concernant la surveillance de la sensibilité des ravageurs ciblés à la toxine Cry1Ab, remettant en question les conclusions du rapport. Le HCB estime notamment que l’utilisation d’une dose diagnostic présente certaines limites pour la détection précoce de l’évolution de la résistance, tant dans son principe intrinsèque que dans sa mise en oeuvre par Bayer, et recommande une méthode alternative de type F2 screen permettant de déterminer la fréquence des allèles de résistance au sein d’une population de ravageurs cibles. Par ailleurs, le HCB formule des recommandations destinées à renforcer la mise en oeuvre des zones refuges pour prévenir ou retarder le développement de résistance à la toxine Cry1Ab chez les ravageurs ciblés. Concernant la surveillance générale, le CS du HCB relève un problème de pertinence méthodologique quant aux questions étudiées, avec des règles de décision arbitraires, des conclusions incorrectement justifiées et un possible biais associé au format d’enquête auprès du panel d’agriculteurs qui ont accepté de répondre au questionnaire. Enfin, le CS du HCB recommande que le rapport de surveillance considère la présence de téosinte dans des zones de culture du maïs MON 810 en Espagne et les risques potentiels associés à une éventuelle introgression de gènes de maïs MON 810 chez le téosinte.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 19 Aug 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02917686v1

[hal-03354431] Avis en réponse à la saisine HCB - habilitation agents 2019. Paris, le 4 juillet 2019

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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 25 Sep 2021

https://hal.inrae.fr/hal-03354431v1

[hal-03354427] Avis en réponse à la saisine HCB sur le dossier EFSA-GMO-ES-2018-154. Paris, le 5 avril 2019

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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 25 Sep 2021

https://hal.inrae.fr/hal-03354427v1

[hal-02789212] HCB_ Avis sur les risques environnementaux et sanitaires liés à la mise sur le marche de pétunias génétiquement modifiés non-autorisés

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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 05 Jun 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02789212v1

[hal-02789521] Avis en réponse à la saisine HCB du 12 octobre 2015 concernant l’utilisation de moustiques génétiquement modifiés dans le cadre de la lutte antivectorielle. Paris, le 31 mai 2017

Le Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a été saisi le 12 octobre 2015 par la ministre en charge de l’environnement d’une demande d’éclairage concernant l’utilisation des moustiques génétiquement modifiés (GM) dans le cadre de la lutte antivectorielle contre les populations de moustiques vecteurs d’agents pathogènes. Le Comité scientifique (CS) du HCB a élaboré son avis sur la base du rapport d’un groupe de travail d’experts choisis pour leurs compétences dans les disciplines requises. Un état des lieux de la situation des maladies vectorisées par les moustiques sur les territoires français de métropole et d’outre-mer (dengue, chikungunya, Zika, fièvre jaune, West Nile, paludisme et filarioses lymphatiques) a mis en évidence le manque de thérapies et de vaccins pour la plupart de ces maladies, et les limites des méthodes classiques de lutte antivectorielle contre les populations de moustiques vecteurs des agents pathogènes responsables de ces maladies. En complément aux recherches menées dans le domaine médical, il apparaît essentiel d’explorer des techniques alternatives et/ou complémentaires aux méthodes de lutte antivectorielle existantes. L’avis du CS décrit les techniques de lutte émergentes faisant appel à des moustiques GM, l’état de leur recherche et de leur développement, et les résultats des premières expérimentations dans le monde. A ce jour, une seule technique est développée à un niveau opérationnel, la technique RIDLde la société Oxitec, qui vise à réduire une population de moustiques par des lâchers récurrents et massifs de mâles transgéniques stérilisants. Deux autres techniques en sont à un stade plus précoce de recherche et de développement et reposent sur un« forçage génétique » (FG), visant à propager un caractère génétique dans une population naturelle, soit pour rendre les moustiques incapables de transmettre des agents pathogènes (FG à des fins de modification de population), soit pour éliminer cette population par propagation d’une stérilité (FG à des fins d’élimination de population). Pour dégager les spécificités de ces techniques de lutte utilisant des moustiques GM, une analyse transversale de l’ensemble des techniques existantes et émergentes a été réalisée en termes d’objectifs visés, de potentiel d’efficacité et de durabilité, de contraintes techniques, et de risques pour l’environnement et la santé. Ont été considérées aussi bien des techniques de lutte antivectorielle classique (de type chimique, biologique, physique et environnemental), que des techniques émergentes basées sur des lâchers de moustiques, qu’ils soient GM (RIDL et différentes techniques de FG), ou non GM, irradiés (TIS ou technique de l’insecte stérile classique), ou porteurs de Wolbachia7(TII ou technique de l’insecte incompatible, et technique de propagation d’IP ou interférence avec le pathogène). Pour de nombreux points considérés, les techniques utilisant des moustiques GM ne constituent pas un bloc homogène et distinct des autres techniques, mais partagent des caractéristiques en commun avec différents sous-ensembles de techniques. Les techniques utilisant des moustiques GM sont toutes basées sur des lâchers de moustiques. Les techniques basées sur des lâchers de moustiques, qu’ils soient GM ou non, partagent : - une spécificité d’action inédite pour une lutte antivectorielle, située au niveau de l’espèce de moustiques relâchés et des éventuelles espèces interfertiles. Cette spécificité est avantageuse pour réduire l’impact direct de la lutte antivectorielle sur l’environnement et la santé. Elle implique toutefois de déployer autant d’interventions que d’espèces non interfertiles de moustiques vecteurs visés ; - la problématique associée à l’éventuelle persistance et à l’éventuel caractère envahissant des moustiques relâchés et des modifications qu’ils portent, laquelle se pose de manière différente selon l’objectif des techniques considérées (réduction vs modification, voir ci-dessous), et doit tenir compte des possibilités de fertilité résiduelle des mâles relâchés ; - la problématique associée aux éventuels lâchers de femelles, accidentels ou intentionnels ; - une efficacité qui dépend de la compétitivité de terrain des moustiques relâchés par rapport aux moustiques sauvages (nécessitant notamment des conditions d’élevage appropriées) ; - une meilleure efficacité à faible densité de moustiques cibles, nécessitant la combinaison de ces techniques avec des méthodes classiques de lutte, telles que les biocides, efficaces à forte densité, ou leur utilisation hors des saisons de forte pullulation de moustiques endémiques ou dès les prémices de l’établissement d’espèces invasives ; - un temps d’action de plusieurs mois pour atteindre l’objectif visé, impliquant une utilisation hors situation d’urgence sanitaire, dans le cadre d’une gestion globale intégrée avec des techniques à efficacité quasi immédiate utilisables en situation de crise, comme les biocides ; - des contraintes techniques et logistiques spécifiques aux élevages et aux lâchers de moustiques, variables selon la biologie des espèces de moustiques considérées (adaptation des protocoles), et selon les stratégies de lutte dans lesquelles elles s’inscrivent (taille de l’élevage, durée de maintenance, nécessité de séparer mâles et femelles). Les techniques se distinguent selon les objectifs visés (réduction vs modification de population). Qu’elles utilisent des moustiques GM ou non, des lâchers de moustiques ou non, les techniques de réduction de population partagent : - un impact environnemental associé à la raréfaction de la population des moustiques cibles et dépendant du rôle de l’espèce ciblée dans l’écosystème. Cet impact est variable selon, entre autres, le caractère autochtone ou invasif de l’espèce considérée, son milieu urbain ou naturel, l’existence de prédateurs spécialistes, le degré de réduction de la population (simple réduction, élimination locale, ou éradication de l’espèce8), la persistance des effets de la technique (fonction notamment de l’isolement de la zone traitée) et la spécificité de la technique (les techniques impliquant des lâchers de moustiques étant les plus spécifiques, voir supra). L’impact environnemental devra donc être évalué au cas par cas des techniques utilisées, des espèces et des régions ciblées ; - la possibilité d’un remplacement non intentionnel de la population ciblée par la population d’une autre espèce vectrice, qui se pose d’autant plus que le degré de réduction de la population est important et qu’elle persiste dans le temps ; - la perte de l’immunité des populations humaines antérieurement exposées, à considérer à l’aune du bénéfice obtenu par la disparition de la maladie. Qu’elles utilisent des moustiques GM ou non, les techniques de modification de population partagent : - un moindre impact a priori en termes de risques environnementaux et sanitaires, du fait qu’elles ne devraient pas affecter la densité des populations de moustiques. Une évaluation des risques associés à la modification effectuée est tout de même nécessaire ; - la persistance et le caractère plus ou moins envahissant des modifications induites, avec la nécessité de considérer le devenir et l’effet à long terme des facteurs à l’origine de ces modifications (Wolbachia, transgènes), incluant leur transfert potentiel à d’autres espèces. Deux autres ensembles de techniques peuvent être distingués selon qu’elles sont auto-limitées (avec des effets limités dans l’espace et le temps à moins d’être entretenues) ou auto-entretenues (dont les effets se répandent dans l’espace et durent dans le temps, sans nécessiter de maintenance). Les techniques auto-limitées, qu’elles utilisent des moustiques GM ou non, des lâchers de moustiques ou non, partagent : - l’avantage d’être maîtrisables et adaptables selon les résultats de surveillance, - l’inconvénient de nécessiter une maintenance contraignante sur le long terme. Les techniques auto-entretenues, qu’elles utilisent des moustiques GM ou non, partagent : -l’avantage de ne pas nécessiter de maintenance et de grosses infrastructures, - l’inconvénient d’être très peu flexibles, voire sans possibilité de contrôle (ex. propagation intentionnelle au sein d’une espèce). Il existe un continuum de techniques entre ces deux pôles. De plus, les caractéristiques d’auto-limitation et d’auto-entretien peuvent varier pour une technique donnée selon la stratégie de lutte dans laquelle elle est employée (réduction ou élimination), ou selon les propriétés des souches de Wolbachia utilisées. L’analyse des aspects évolutifs des techniques en termes de pertes d’efficacité avec le temps – (1) par développement de résistance à leur mode d’action, (2) par développement de résistance comportementale, ou (3) par dérive fonctionnelle –, et leurs conséquences en termes de risques environnementaux et sanitaires, se plient moins à une catégorisation par ensembles de techniques car ces évolutions découlent de mécanismes précis de fonctionnement de chaque technique. Le CS souligne toutefois que les techniques fonctionnant par le biais d’une cible génétique, qu’elles utilisent des moustiques GM ou non, peuvent donner lieu à un développement de résistance à leur mode d’action. C’est le cas de certains biocides (dont l’efficacité est compromise dans des populations entières de moustiques résistants) et des techniques de forçage génétique (ce qui en limiterait les propriétés invasives aujourd’hui). Les autres techniques, incluant les techniques RIDL,TIS, TII, et les autres techniques classiques de lutte, ont des mécanismes d’action n’impliquant pas de cible génétique, ou impliquant des cibles trop nombreuses pour permettre aisément un tel développement de résistance. Par ailleurs, d’après les caractéristiques propres à chaque technique, le développement de résistances comportementales est concevable pour la technique RIDL et les techniques utilisant Wolbachia, peu probable pour les techniques de FG. Enfin, les risques de dérive fonctionnelle sont plausibles pour RIDL et les techniques de FG, ainsi que pour les techniques utilisant Wolbachia. La durabilité des différentes techniques doit être évaluée en tenant compte de ces trois types possibles de pertes d’efficacité. Ainsi, l’analyse du CS montre que pour de nombreux points considérés, les techniques utilisant des moustiques GM ne présentent pas de caractéristiques communes propres à leur caractère GM, mais se rapprochent différentiellement d’autres techniques de lutte selon les aspects considérés. Au-delà des caractéristiques partagées, les techniques de forçage génétique présentent des caractéristiques propres, qui ne se retrouvent chez aucune autre technique à ce jour, associées à leurs propriétés invasives particulières. Si les limites techniques des exemples d’application développés à ce jour permettent d’anticiper une interruption de la propagation des cassettes de forçage génétique, l’évaluation de futures applications devra prendre en compte le potentiel invasif particulier de ces techniques ainsi que les incertitudes associées à leur évolution sur le terrain, considérant les événements de spéciation, de réorganisation du génome, observés dans certains cas de forçages génétiques naturels. Le CS du HCB a réfléchi aux critères d’évaluation des risques des moustiques GM. Si chaque nouveau dossier doit être évalué au cas par cas, le CS du HCB n’a pas identifié a priori de risque particulier pour l’environnement qui ne puisse être couvert par les critères généraux listés dans la directive 2001/18/CE, directive relative à la dissémination volontaire d’OGM dans l’Union européenne. Il souligne toutefois des éléments radicalement nouveaux apportés par le forçage génétique, considérant le caractère intentionnellement invasif de la modification recherchée, qui a le potentiel théorique d’atteindre tous les individus d’une espèce dans l’environnement, que ce soit pour l’éradiquer ou la modifier. Par dessein, la dissémination n’est pas limitée dans le temps ou l’espace. L’évaluation des risques associés au forçage génétique devra donc être adaptée à ce changement d’échelle et d’objectifs. Le CS conclut que les critères listés dans la directive 2001/18/CE, réglementairement applicables à l’évaluation des risques pour l’environnement associés à une dissémination de moustiques GM dans l’Union européenne, sont scientifiquement pertinents et a priori suffisants pour l’évaluation des risques associés à l’utilisation de moustiques GM dans le cadre de la lutte antivectorielle. Une déclinaison particulière, comme prévu par l’approche au cas-par-cas de la directive, devra être effectuée pour l’évaluation des risques associés aux techniques de forçage génétique. Par ailleurs, quel que soit le statut réglementaire des insectes artificiellement infectés par des bactéries Wolbachia dans l’Union européenne, le CS estime qu’une évaluation selon des critères adaptés de la directive 2001/18/CE pourrait être réalisée de façon pertinente. Enfin, le CS du HCB a mis en évidence des intérêts et des limites à l’utilisation de moustiques GM sur le territoire français dans le cadre de la lutte antivectorielle. Au-delà des mécanismes moléculaires en jeu et de certaines spécificités qui en découlent, la technique RIDL apparaît très proche des techniques TIS et TII. Ces trois techniques pourraient être testées, de manière précautionneuse et étape par étape, dans l’objectif de contribuer à la lutte antivectorielle sur les territoires français, selon les vecteurs considérés9, en combinaison avec les techniques classiques actuellement utilisées dans le cadre d’une gestion intégrée. La mise en œuvre des techniques RIDL, TIS ou TII permettrait notamment de réduire l’utilisation des insecticides. Outre une réduction des risques d’exposition pour l’Homme et les écosystèmes, une moindre utilisation d’insecticides permise par la mise en œuvre de techniques basées sur des lâchers de moustiques préserverait leur efficacité en diminuant la pression de sélection de résistances associées. Cela permettrait ainsi de réserver l’utilisation des insecticides à des cas spécifiques d’urgence sanitaire et d’épidémie. Les deux approches de forçage génétique discutées dans cet avis en sont toujours à un stade précoce de développement. Les recherches en cours visent, notamment, à réduire l’évolution de résistances au forçage génétique, à élaborer un mécanisme de forçage génétique dont la propagation serait limitée, et à concevoir des outils capables de contrecarrer un forçage génétique existant. Des recherches sont également en cours sur les modalités d’évaluation des effets sur le long terme du forçage génétique sur les écosystèmes. A ce jour, le CS estime prématuré d’envisager une application de forçage génétique sur le terrain. Concernant l’objectif de modification de population, l’approche alternative exploitant la propagation de l’IP via Wolbachia est déjà expérimentée sur le terrain quand bien même les mécanismes d’IP restent mal compris. Le choix entre différentes techniques ou combinaisons de techniques de lutte devrait être guidé en fonction de l'objectif recherché, de la biologie et du comportement des vecteurs, du contexte épidémiologique, environnemental et socio-économique, incluant les ressources humaines et financières disponibles. Par cet éclairage sur les techniques de lutte émergentes basées sur des lâchers de moustiques, GM ou non, cet avis devrait permettre d’enrichir l’information sur les nouvelles options à disposition des pouvoirs publics, pour éclairer la prise de décision dans une approche de gestion intégrée de la lutte antivectorielle. L’intégration pratique de ces options à la palette d’outils de lutte actuellement utilisés, selon les contextes particuliers des différents territoires français, devrait mobiliser des connaissances complémentaires à l’expertise du HCB.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 05 Jun 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02789521v1

[hal-02917623] Commentaires sur le projet de document consensus de l’OCDE sur les considérations environnementales relatives à l’évaluation des risques associé. Paris, le 23 mai 2018

Le Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a été sollicité le 4 avril 2018 par la direction générale de l’alimentation du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation et par la direction générale de la prévention des risques du ministère de la Transition écologique et solidaire pour examiner et commenter le projet de document consensus de l’OCDE (version du 3 avril 2018) sur les considérations environnementales relatives à l’évaluation des risques associés à la dissémination de plantes génétiquement modifiées en vue de la réunion du groupe de travail de l’OCDE sur l’harmonisation de la surveillance réglementaire en biotechnologie les 21 et 22 juin 2018. Le Comité scientifique (CS)1 du HCB a examiné ce document en séance du 26 avril 2018 sous la présidence de Jean-Christophe Pagès. Les commentaires du CS du HCB à destination de l’OCDE, en version française et anglaise2, ont été validés par voie électronique et transmis aux autorités compétentes françaises le 23 mai 2018, et publiés après envoi à l’OCDE le 30 mai 2018.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 19 Aug 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02917623v1

[hal-02787185] Avis en réponse à la saisine HCB - dossier EFSA-GMO-RX009. Paris, le 4 juin 2018

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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 05 Jun 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02787185v1

[hal-02791061] EFSA-GMO-DE-2017-141 1

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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Frédérique Angevin) 05 Jun 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02791061v1

[hal-02917593] Avis en réponse à la saisine 150519 - dossier C-NL-13-02. Paris, le 7 septembre 2015

Le Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a été saisi le 20 mai 2015 par les autorités compétentes françaises (le ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt) d’une demande d’avis relative au dossier C/NL/13/02 de demande de mise sur le marché de la lignée d’oeillets génétiquement modifiés FLO-40685-1 à des fins d’importation et de commercialisation de fleurs coupées. Ce dossier a été déposé par la société Suntory Holdings Limited auprès des autorités compétentes néerlandaises dans le cadre de la directive 2001/18/CE. Conformément à cette directive, la Commission européenne a adressé le rapport d’évaluation des Pays-Bas ainsi que le dossier du pétitionnaire à l’ensemble des Etats membres. Par cette saisine, les autorités compétentes françaises consultent le HCB au stade ultime de la préparation au vote des Etats membres à la Commission européenne. Le Comité scientifique (CS)2 du HCB a examiné le dossier en séance du 25 juin 2015 sous la présidence de Jean-Christophe Pagès. Le présent avis a été adopté par voie électronique le 7 septembre 2015 et publié le 10 septembre 2015.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 19 Aug 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02917593v1

[hal-02917709] Avis en réponse à la saisine HCB – dossier RX-016. Paris, le 21 février 2019

Le Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a été saisi sur le fondement du règlement (CE) n° 1829/2003 d’une demande d’avis relative au dossier EFSA-GMO-RX-016 dans le but de proposer des commentaires à destination de l’EFSA en contribution à l’évaluation européenne du dossier, et d’éclairer les autorités compétentes françaises dans une étape intermédiaire en amont du vote à la Commission européenne. Déposé par la société Syngenta Crop Protection NV/SA, ce dossier est une demande de renouvellement d’autorisation de mise sur le marché du maïs génétiquement modifié Bt11 à des fins d’importation, transformation, et alimentation humaine et animale dans l’Union européenne.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 19 Aug 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02917709v1

[hal-02917777] Avis en réponse à la saisine HCB- dossier 2019-159. Paris, le 16 décembre 2019

Le Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a été saisi sur le fondement du règlement (CE) n° 1829/2003 d’une demande d’avis relative au dossier EFSA-GMO-NL-2019-159 dans le but de proposer des commentaires à destination de l’EFSA en contribution à l’évaluation européenne du dossier, et d’éclairer les autorités compétentes françaises dans une étape intermédiaire en amont du vote à la Commission européenne. Déposé par la société Pioneer Hi-Bred International, Inc., ce dossier est une demande d’autorisation de mise sur le marché du maïs génétiquement modifié DP202216 à des fins d’importation, de transformation et d’alimentation humaine et animale dans l’Union européenne.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 19 Aug 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02917777v1

[hal-05236197] A consortium of seven commensal bacteria promotes gut microbiota recovery and strengthens ecological barrier against vancomycin-resistant enterococci

Background: Vancomycin-resistant enterococci (VRE) often originate from the gastrointestinal tract, where their proliferation precedes dissemination into the bloodstream, and can lead to systemic infection. Uncovering the actors and mechanisms reducing the intestinal colonisation by VRE is essential to control infection. We aimed to identify commensal bacteria that interfere with VRE gut colonisation or act as an ecological barrier. Results: We performed a 3-week longitudinal analysis of the gut microbiota composition and VRE carriage levels during microbiota recovery in mice colonised with VRE after antibiotic-induced dysbiosis. By combining biological data and mathematical modelling, we identified 15 molecular species (OTUs) that negatively correlated with VRE overgrowth. Six strains representative of these OTUs were collected, cultivated and used in mixture with a seventh strain (Mix7) in two different mouse lines challenged with VRE. Of the seven strains, three belonged to Lachnospiraceae, one to Muribaculaceae, one to Ruminococcaceae and two to Lactobacillaceae. We found that Mix7 led to a better recovery of the gut microbiota composition and reduced VRE carriage. Differences in the effect of Mix7 were observed between responder and non-responder mice. These differences were associated with variations in the composition of the initial microbiota and during recovery and represent potential biomarkers for predicting response to Mix7. In a mouse model of alternative stable state of dysbiosis, response to Mix7 was associated with higher concentrations of short-chain fatty acids (acetate, propionate, butyrate) and a range of metabolites including bile acids, reflecting the recovery of the microbiota back to initial state. Furthermore, Muribaculum intestinale strain was required to obtain the Mix7 effect on VRE reduction in vivo, but the presence of at least one of the other six strains was needed. None of the supernatant of the seven strains, alone or in combination, inhibited VRE growth in vitro. Interestingly, five strains belong to species shared among humans and mice, and the other two have human functional equivalents. Conclusions: An innovative approach based on mathematical modelling of the microbiota composition permitted to identify a mixture of commensal bacterial strains, which improves the ecological barrier effect against VRE. The mechanisms are dependent on the recovery and initial composition of the microbiota. Ultimately, this work will enable a move towards a personalised medicine by targeting predisposed patients presenting a risk of infection, such as neutropenic or bone-marrow transplant patients, and likely to respond to supplementation with commensal strains, providing new live biotherapeutic products and biomarkers to predict response to supplementation. Video Abstract.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Alan Jan) 02 Sep 2025

https://hal.inrae.fr/hal-05236197v1

[hal-05235370] Microbiome Interconnectedness throughout Environments with Major Consequences for Healthy People and a Healthy Planet

Microbiomes have highly important roles for ecosystem functioning and carry out key functions that support planetary health, including nutrient cycling, climate regulation, and water filtration. Microbiomes are also intimately associated with complex multicellular organisms such as humans, other animals, plants, and insects and perform crucial roles for the health of their hosts.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Angela Sessitsch) 02 Sep 2025

https://hal.inrae.fr/hal-05235370v1

[hal-05230433] RRNPP quorum-sensing repertoires in the salivarius group genomes: overrepresentation and synchronous activation of SHP/Rgg systems in <i>Streptococcus thermophilus</i>

In Bacillota, quorum sensing can be mediated by RRNPP regulators that are activated by autoinducing peptides (AIPs). In this study, we derived a hidden Markov model profile from a 3D-informed alignment to establish RRNPP repertoires for 527 genomes of streptococci in the salivarius group and identified probable AIPs. The salivarius group encompasses Streptococcus salivarius and Streptococcus vestibularis, which are part of the normal human oral microflora, and Streptococcus thermophilus, one of the most widely used bacteria in the dairy industry. We observed a large amount of plasticity in these repertoires, as well as profound differences among species. Notably, S. salivarius displayed an accumulation of ComR regulators, while S. thermophilus displayed an accumulation of Rgg regulators. The latter family included SHP-associated Rgg regulators, systems in which SHPs serve as AIPs; most of these regulators control the production of post-translationally modified peptides (RaS-RiPPs). Their level of richness contrasts with the genome reduction that accompanied S. thermophilus' adaptation to milk. We then used liquid chromatography-high resolution tandem mass spectrometry to analyze the activity of the eight most common SHP/Rgg systems by characterizing the SHPs and RaS-RiPPs found in the supernatants. We detected four SHPs and one RaS-RiPP that have never been seen before in S. thermophilus, and we showed that seven of the eight SHP/Rgg systems were functional. Finally, by simultaneously monitoring the amounts of both the SHPs and RaS-RiPPs, we demonstrated that the fates of these two peptide types differed during growth. SHP presence in the supernatant was transient, a pattern likely related to the peptides' signaling role.<p>IMPORTANCE Streptococcus thermophilus possesses an unusually high number of Rgg regulators, which are activated by SHP pheromones that control the production of RaS-RiPPs, peptides with cyclization motifs and growth inhibition properties. We conducted an in silico analysis of regulator repertoires across a wide range of strains; a subsequent experimental study revealed that the majority of the SHP/Rgg systems were functional. Employing an optimized liquid chromatography-high resolution tandem mass spectrometry protocol, we were able to better detect and follow SHP and RaS-RiPP accumulation. While RaS-RiPPs accumulated during growth, SHPs were only transiently present in the extracellular environment. This observation suggests that we could manipulate quorum sensing by adding SHPs to the growth medium and highlights the need to study the functions of the RaS-RiPPs.</p>

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Quentin Caillot) 29 Aug 2025

https://hal.inrae.fr/hal-05230433v1

[hal-05233970] dAMN: a genome scale neural-mechanistic hybrid model to predict bacterial growth dynamics

This study presents dAMN, a hybrid neural-mechanistic model that integrates neural networks with genome-scale dynamic flux balance analysis (dFBA) to predict E. coli growth curves across diverse nutrient environments. dAMN uses neural networks to infer dynamic behavior from initial metabolite concentrations, while mechanistic constraints ensure stoichiometric and thermodynamic consistency based on the iML1515 model. The model was trained on experimental growth data from media containing various combinations of sugars, amino acids, and nucleobases, and evaluated on two test sets: one for forecasting over time and another for predicting growth dynamics on unseen media. dAMN achieved high predictive power (R² &gt; 0.9), successfully reproducing growth and substrate depletion dynamics even without intermediate metabolite measurements. An interesting innovation of dAMN is the biologically consistent treatment of the lag phase, enabling realistic adaptation dynamics absent from standard dFBA models. dAMN stands out for its ability to generalize across combinatorial nutrient inputs and produce full growth curve predictions from minimal input data.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jean-Loup Faulon) 02 Sep 2025

https://hal.inrae.fr/hal-05233970v2

[hal-05124696] Impacts sur la santé publique de la dynamique des populations de renards

Le Renard roux (Vulpes vulpes) est une espèce de la faune sauvage. En tant que gibier, il peut être chassé par différents moyens. Il est de plus susceptible d’être inscrit, dans certains territoires, comme espèce susceptible d’occasionner des dégâts (ESOD) par arrêté ministériel triennal pris en application de l’article R.427-6 du Code de l’environnement. Nonobstant les restrictions sur les périodes de chasse, les animaux classés ESOD peuvent être éliminés toute l’année. En 2019 et pour trois ans, suite à des consultations départementales et un arbitrage ministériel, le renard a été classé ESOD dans 90 départements français. La décision de classement doit être motivée. Plusieurs arguments sont avancés pour ce classement : pertes dans les élevages avicoles ou de gibier, raisons sanitaires (par ex. : échinococcose alvéolaire, gale sarcoptique). Inversement, des bénéfices liés à la présence des renards sont également avancés, tels que la prédation de rongeurs (campagnols notamment), porteurs d’agents zoonotiques, la réduction d’utilisation de raticides, etc. ... Dans un rapport et avis sur le rôle épidémiologique du renard dans le système multihôtes de la tuberculose bovine (Anses 2021)1, l’Anses notait que l’importance des nuisances attribuées aux renards faisait l’objet de controverses et de polémiques en France. La présente saisine s’inscrit ainsi dans un contexte sociétal sensible impliquant notamment les associations de protection de la nature et les chasseurs ou les éleveurs. Les réponses à cette saisine visent à clarifier le rôle du renard dans l’épidémiologie de certaines zoonoses pour lesquelles il est présenté comme premier responsable de la transmission à l’humain, ce qui motive certains acteurs à proposer son classement en tant qu’ESOD. Dans une approche « une seule santé » (One Health), il est demandé d’identifier les risques pour la santé publique associés à des évolutions significatives, à la hausse et à la baisse, de populations de renards, i.e. : 1) « lister des zoonoses présentes en France pour lesquelles les renards ont un rôle épidémiologique, direct ou indirect (par les populations de proies qu’il élimine) et décrire ce rôle épidémiologique ; 2) identifier, le cas échéant, d’autres familles d’impacts en santé publique (par exemple l’effet indirect sur l’emploi des pesticides tels que les raticides) associés à l’évolution des populations de renards ; 3) expliciter, en fonction des connaissances disponibles (publications, données disponibles ou mécanismes de collecte mobilisables), l’importance relative des effets identifiés aux points 1 et 2, pour l’humain et/ou l’environnement, de l’évolution des populations de renards ; 4) analyser la faisabilité d’une évaluation socio-économique de type coût/bénéfice de la prévention et des impacts associés à ces zoonoses dans lesquels les renards ont des rôles différents, pour l’être humain et/ou l’environnement ». La saisine concerne exclusivement la France métropolitaine. En outre, n’entrent pas dans le champ de la saisine (i) les renards en tant que proies des loups, lynx et grands ducs principalement, ce qui ne constitue pas un enjeu de santé publique, (ii) l’impact des renards prédateurs sur les populations de volailles (basse-cours, élevages aviaires), d’oiseaux sauvages (notamment le gibier), sujet très large qui rejoint un critère de classement ESOD, et (iii) l’impact des renards prédateurs de micromammifères (souris, campagnols, mulots, etc.) à l’origine de dégâts aux cultures, l’expertise se limitant aux populations de proies susceptibles de transmettre des agents de zoonoses.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Emmanuelle Gilot-Fromont) 18 Jul 2025

https://hal.science/hal-05124696v1

[hal-05236241] Enterococcus cecorum, an opportunistic poultry pathogen: deeper understanding for better farm control

Enterococcus cecorum has become a major pathogen of poultry worldwide. This bacterium causes locomotor disorders that lead to mortality, increased use of antibiotics and economic losses, particularly in fast-growing broiler farms. This article summarises current epidemiological, zootechnical and basic knowledge with a view to improving disease control and prevention on farms.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Rozenn Souillard) 02 Sep 2025

https://hal.inrae.fr/hal-05236241v1

[hal-05218392] Bile-induced biofilm formation in Bacteroides thetaiotaomicron requires magnesium efflux by an RND pump

ABSTRACT Bacteroides thetaiotaomicron is a prominent member of the human gut microbiota contributing to nutrient exchange, gut function, and maturation of the host’s immune system. This obligate anaerobe symbiont can adopt a biofilm lifestyle and it was recently shown that B. thetaiotaomicron biofilm formation is promoted by the presence of bile, a process also requiring a B. thetaiotaomicron extracellular DNase, which is not, however, regulated by bile. Here we showed that bile induces the expression of several Resistance-Nodulation-Division (RND) efflux pumps and that inhibiting their activity with a global competitive efflux inhibitor impaired bile-dependent biofilm formation. We then showed that, among the bile-induced RND-efflux pumps, only the tripartite BT3337-BT3338-BT3339 pump, re-named BipABC (for Bile Induced Pump A ( BT3337 ), B ( BT3338 ) and C ( BT3339 ), is required for biofilm formation. We demonstrated that BipABC is involved in the efflux of magnesium to the biofilm extracellular matrix, which leads to a decrease of eDNA concentration. The release of magnesium in the biofilm matrix also impacts biofilm structure, potentially by modifying the electrostatic repulsion forces within the matrix, reducing interbacterial distance and allowing bacteria to interact more closely and form denser biofilms. Our study therefore identifies a new molecular determinant of B. thetaiotaomicron biofilm formation in response to bile salts and provides a better understanding on how an intestinal chemical cue regulates biofilm formation in a major gut symbiont. IMPORTANCE Bacteroides thetaiotaomicron is a prominent member of the human gut microbiota able to degrade dietary and host polysaccharides, altogether contributing to nutrient exchange, gut function, and maturation of the host’s immune system. This obligate anaerobe symbiont can adopt a biofilm community lifestyle, providing protection against environmental factors that might, in turn, protect the host from dysbiosis and dysbiosis-related diseases. It was recently shown that B. thetaiotaomicron exposure to intestinal bile promotes biofilm formation. Here we reveal that a specific B. thetaiotaomicron membrane efflux pump is induced in response to bile, leading to the release of magnesium ions, potentially reducing electrostatic repulsion forces between components of the biofilm matrix. This leads to a reduction of interbacterial distance and strengthens the biofilm structure. Our study therefore provides a better understanding of how bile promotes biofilm formation in a major gut symbiont, potentially promoting microbiota resilience to stress and dysbiosis events.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Anne-Aurélie Lopes) 22 Aug 2025

https://hal.inrae.fr/hal-05218392v1

[hal-02941029] Sulfiredoxin Protects Mice from Lipopolysaccharide-Induced Endotoxic Shock

Peroxiredoxins constitute a major family of cysteine-based peroxide-scavenging enzymes. They carry an intriguing redox switch by undergoing substrate-mediated inactivation via overoxidation of their catalytic cysteine to the sulfinic acid form that is reverted by reduction catalyzed by the sulfinic acid reductase sulfiredoxin (Srx). The biological significance of such inactivation is not understood, nor is the function of Srx1. To address this question, we generated a mouse line with a null deletion of the Srx1-encoding Srxn1 gene. We show here that Srxn1(-/-) mice are perfectly viable and do not suffer from any apparent defects under laboratory conditions, but have an abnormal response to lipopolysaccharide that manifests by increased mortality during endotoxic shock. Microarray-based mRNA profiles show that although the response of Srxn1(-/-) mice to lipopolysaccharide is typical, spanning all spectrum and all pathways of innate immunity, it is delayed by several hours and remains intense when the response of Srxn1(+/+) mice has already dissipated. These data indicate that Srx1 activity protects mice from the lethality of endotoxic shock, adding this enzyme to other host factors, as NRF2 and peroxiredoxin 2, which by regulating cellular reactive oxygen species levels act as important modifiers in the pathogenesis of sepsis.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Anne-Gaëlle Planson) 16 Sep 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02941029v1

[hal-04666812] Structure-dependent degradation of milk oligosaccharides by newly isolated intestinal commensal bacterial strains from suckling piglets and rabbits

BackgroundMammalian milk oligosaccharides serve as the first natural prebiotics for newborns, promoting the development of a beneficial gut microbiota. The ability of bacteria to use these complex sugars depends on their structure, but data are limited to bacteria isolated from newborn humans. This study aims to investigate in vitro the functional relationship between the structural variability of milk oligosaccharides and the metabolic capacities of newly intestinal commensal bacteria isolated from suckling rabbits and piglets.ResultsA total of 240 anaerobic intestinal bacterial strains were isolated from suckling piglets and rabbits, and 9 strains were cultivated in the presence of structurally different milk oligosaccharides: lacto-N-tetraose, 2'-fucosyllactose, and 3'-sialyllactose or 6'-sialyllactose. Five strains, belonging to Bacteroides fragilis, Bacteroides thetaiotaomicron, Bacteroides sp. D2, Bacteroides sp. 3_1_33FAA and Phocaeicola vulgatus were able to utilize milk oligosaccharides. Growth curves revealed that glucose supported faster growth, while, leading to a lower final biomass compared to milk oligosaccharides. Both the growth rate and the final bacterial biomass varied depending on the milk oligosaccharide structure, with higher final biomass reached with 2'-fucosyllactose. The consumption rates of milk oligosaccharides exceeded 40% for all oligosaccharides in B. fragilis, Bacteroides sp. 3_1_33FAA and P. vulgatus strains. Conversely, B. thetaiotaomicron with 6'-sialyllactose and Bacteroides sp. D2 strains for each milk oligosaccharide displayed a consumption rate below 40%. Milk oligosaccharide fermentation generated a more diverse metabolome compared to glucose. Utilization of milk oligosaccharides increased the production of propionate, isobutyrate, isovalerate, 2-methylbutyrate and 1,2-propanediol. Remarkably, fermentation of 2'-fucosyllactose resulted in substantial 1,2-propanediol production. Whole genome sequencing of the bacterial strains revealed the presence of diverse glycoside hydrolase in the strains capable of metabolizing milk oligosaccharides.ConclusionsThis study demonstrates the capacity of diverse intestinal commensal bacteria from suckling rabbits and piglets to ferment diverse milk oligosaccharide structures, revealing species-specific and milk oligosaccharide structure-dependent metabolization profiles. These findings highlight the potential application of milk oligosaccharides as prebiotic supplements to support gut health in farm animals.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Mathilde Rumeau) 28 Aug 2025

https://hal.inrae.fr/hal-04666812v2

[hal-05232185] Structure-dependent degradation of milk oligosaccharides by newly isolated intestinal commensal bacterial strains from suckling piglets and rabbits

Background Mammalian milk oligosaccharides serve as the first natural prebiotics for newborns, promoting the development of a beneficial gut microbiota. The ability of bacteria to use these complex sugars depends on their structure, but data are limited to bacteria isolated from newborn humans. This study aims to investigate in vitro the functional relationship between the structural variability of milk oligosaccharides and the metabolic capacities of newly intestinal commensal bacteria isolated from suckling rabbits and piglets. Results A total of 240 anaerobic intestinal bacterial strains were isolated from suckling piglets and rabbits, and 9 strains were cultivated in the presence of structurally different milk oligosaccharides: lacto-N-tetraose, 2’-fucosyllactose, and 3’-sialyllactose or 6’-sialyllactose. Five strains, belonging to Bacteroides fragilis , Bacteroides thetaiotaomicron , Bacteroides sp. D2, Bacteroides sp. 3_1_33FAA and Phocaeicola vulgatus were able to utilize milk oligosaccharides. Growth curves revealed that glucose supported faster growth, while, leading to a lower final biomass compared to milk oligosaccharides. Both the growth rate and the final bacterial biomass varied depending on the milk oligosaccharide structure, with higher final biomass reached with 2’-fucosyllactose. The consumption rates of milk oligosaccharides exceeded 40% for all oligosaccharides in B. fragilis , Bacteroides sp. 3_1_33FAA and P. vulgatus strains. Conversely, B. thetaiotaomicron with 6’-sialyllactose and Bacteroides sp. D2 strains for each milk oligosaccharide displayed a consumption rate below 40%. Milk oligosaccharide fermentation generated a more diverse metabolome compared to glucose. Utilization of milk oligosaccharides increased the production of propionate, isobutyrate, isovalerate, 2-methylbutyrate and 1,2-propanediol. Remarkably, fermentation of 2’-fucosyllactose resulted in substantial 1,2-propanediol production. Whole genome sequencing of the bacterial strains revealed the presence of diverse glycoside hydrolase in the strains capable of metabolizing milk oligosaccharides. Conclusions This study demonstrates the capacity of diverse intestinal commensal bacteria from suckling rabbits and piglets to ferment diverse milk oligosaccharide structures, revealing species-specific and milk oligosaccharide structure-dependent metabolization profiles. These findings highlight the potential application of milk oligosaccharides as prebiotic supplements to support gut health in farm animals.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Mathilde Rumeau) 01 Sep 2025

https://hal.inrae.fr/hal-05232185v1

[hal-05154059] Use of frozen native feces for fecal microbiota transplantation in recurrent Clostridioides difficile infection: a simple way to improve the efficiency of donor feces preparation

Preparing fecal microbiota transplants immediately after donation is resource-intensive, and a proportion are destroyed following abnormal screening results. We retrospectively compared two processes, frozen fecal preparation (FFP) and fresh native frozen preparation (FNFP), for clinical efficacy in the treatment of recurrent Clostridioides difficile infection (rCDI). FFP and FNFP were similarly effective with clinical success rates of 76.7% and 86.7% ( P = 0.32), respectively. FNFP is an efficient procedure that saves resources while maintaining clinical efficacy in rCDI.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Rachel Sintes) 09 Jul 2025

https://hal.inrae.fr/hal-05154059v1

[hal-05222945] Peut-on faire revivre les dinosaures?

[...]

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Alice Lebreton) 25 Aug 2025

https://hal.science/hal-05222945v1

[hal-05228203] Evaluation de la sensibilité à la temocilline des souches d'Haemophilus influenzae et Moraxella catarrhalis

[...]

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (E. Farfour) 28 Aug 2025

https://hal.science/hal-05228203v1

[hal-05228208] Facteurs de risque d'endocardite infectieuse chez les patients bactériémiques à Staphylococcus aureus : validation externe d'un score prédictif

[...]

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (G. Péan de Ponfilly) 28 Aug 2025

https://hal.science/hal-05228208v1

[hal-01715133] TREM-1 Inhibition Restores Impaired Autophagy Activity and Reduces Colitis in Mice

Background and Aims: Triggering receptor expressed on myeloid cells-1 [TREM-1] is known to amplify inflammation in several diseases. Autophagy and endoplasmic reticulum [ER] stress, which activate the unfolded protein response [UPR], are closely linked and defects in these pathways contribute to the pathogenesis of inflammatory bowel disease [IBD]. Both autophagy and UPR are deeply involved in host-microbiota interactions for the clearance of intracellular pathogens, thus contributing to dysbiosis. We investigated whether inhibition of TREM-1 would prevent aberrant inflammation by modulating autophagy and ER stress and preventing dysbiosis. Methods: An experimental mouse model of colitis was established by dextran sulphate sodium treatment. TREM-1 was inhibited, either pharmacologically by LR12 peptide or genetically with Trem-1 knock-out [KO] mice. Colon tissues and faecal pellets of control and colitic mice were used. Levels of macroautophagy, chaperone-mediated autophagy [CMA], and UPR proteins were evaluated by western blotting. The composition of the intestinal microbiota was assessed by MiSeq sequencing in both LR12-treated and KO animals. Results: We confirmed that inhibition of TREM-1 attenuates the severity of colitis clinically, endoscopically and histologically. We observed an increase in macroautophagy [ATG1/ULK-1, ATG13, ATG5, ATG16L1, and MAP1LC3-I/II] and in CMA [HSPA8 and HSP90AA1], whereas there was a decrease in the UPR [PERK, IRE-1α, and ATF-6α] protein expression levels in TREM-1 inhibited colitic mice. TREM-1 inhibition prevented dysbiosis. Conclusions: TREM-1 may represent a novel drug target for the treatment of IBD, by modulating autophagy activity and ER stress.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Tunay Kokten) 22 Feb 2018

https://hal.univ-lorraine.fr/hal-01715133v1

[hal-05137649] Effect of bacterial nanocellulose and plant-containing facial serum on hyperpigmentation in in-vitro conditions

This study investigated the effect of some herbal extracts, such as licorice root, white mulberry leaf, green tea leaf, and grape seed, with a combination of bacterial nanocellulose and some bioactive materials, such as ascorbic acid, niacinamide, hexylresorcinol, and alpha-arbutin, on treatment of hyperpigmentation. The effect of the prepared emulsions on hyperpigmentation was revealed by analyzing their tyrosinase inhibition properties, their ability to stop melanin production, or their properties of whitening the brown spot on the skin. In addition to the physicochemical properties of the 5 different emulsions obtained, tyrosinase, collagenase, and elastase enzyme activities, antioxidant properties, cytotoxicity, and microbiological analyzes were performed by cell-culture modelling. Finally, a dermocosmetic facial serum was designed that is compatible with skin pH, is homogeneously mixed, has good spreading properties, does not cause any microbiological growth, does not inhibit elastase activity while stimulating collagenase activity, reduces melanin production by inhibiting the tyrosinase enzyme, and does not have any toxic effects.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Sibel Dikmen Kucuk) 01 Jul 2025

https://hal.science/hal-05137649v1

[hal-02800686] Avis en réponse à la saisine HCB - dossier NL-2011-96. Paris, le 13 janvier 2016

[...]

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (. Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies) 05 Jun 2020

https://hal.inrae.fr/hal-02800686v1

[hal-02801289] Avis en réponse à la saisine du 7 novembre 2013, de Madame Marie-Christine Blandin, relative à l’article de Snell et al. (Food and Chemical Toxicology, 2012)

Le Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a été saisi le 7 novembre 2013 par Madame la Sénatrice Marie-Christine Blandin, en vertu de l’article L531-3 du code de l’environnement, d’une demande d’avis relative à l’article de Snell et al., intitulé «Assessment of the health impact of GM plant diets in long-term and multigenerational animal feeding trials: A literature review», publié dans la revue Food and Chemical Toxicology (Snellet al.,2012). Pour répondre aux questions de la saisine, le Comité Scientifique (CS) du HCB a constitué un groupe de travail ad hoc. A la suite du compte-rendu de ce dernier, le CS du HCB a procédé à l’examen du projet de réponse le 25 février 2014 sous la présidence de Jean-Christophe Pagès.

ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Claude Bagnis) 02 Feb 2024

https://hal.inrae.fr/hal-02801289v1

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[hal-03906999] FFCD 1709-SIRTCI phase II trial: Selective internal radiation therapy plus Xelox, Bevacizumab and Atezolizumab in liver-dominant metastatic colorectal cancer

[anses-04171242] Évaluation des impacts sur la santé publique de la dynamique des populations de renards

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[hal-02789356] Avis en réponse à la saisine HCB - dossier C/NL/04/02_001. Paris, le 13 mars 2017

[hal-02789394] Avis en réponse à la saisine HCB - dossier 2018-150. Paris, le 24 octobre 2018

[hal-02917605] Avis en réponse à la saisine HCB - dossier NL-2005-23. Paris, le 21 octobre 2015

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